计算化学公社

标题: 求助：计算石墨烯膜狭缝中水的传质过程，NPT之后盒子缩小后处理的问题 [打印本页]

作者
Author: Yiliuvito 时间: 2026-1-22 14:59
标题: 求助：计算石墨烯膜狭缝中水的传质过程，NPT之后盒子缩小后处理的问题
各位老师好！我现在正在使用Gromacs计算石墨烯膜狭缝中水的传质过程，分别打算使用MD和MD之后的NEMD方式（gromacs中的acce组和pull组）对其性质进行分析。我采用的具体模拟步骤是在几何优化之后选择NPT系综模拟，首先将系统0k升温到298k花费1ns，然后再平衡态跑5ns，xy方向控压z方向不控压，采用压浴方式为Berendsen（因为这个还没到我想要分析的内容，届时换成C rescale），可压缩系数为水的可压缩系数。获得的初始结构和结束结构如图：为了对比我也跑了纯NVT的结构
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我的问题是：1.首先在xy方向控压之后，pbc的盒子出现了明显的缩小，这也在预期之内，但是如何理解已经在pbc box外的石墨烯？这些石墨烯如果选择wrap进晶胞的话会发现好几层叠在一起，这个和我一开始模拟的结构明显不同，这个会有影响么？
2.在MD平衡态模拟结束后我准备添加Pull组或者加速度到水分子让其沿特定方向移动，模拟水过膜的流程，在这个过程中Pull和加速度对水分子的作用是否相同？在NEMD时候，我的模型已经是NPT优化之后的pbc 盒子缩小导致外边缘暴露出的石墨烯wrap进盒子会多层，那么这种情况下我是否需要重新构筑一个新的top文件，再将pbc box外围多出来的石墨烯切割掉重新进行NEMD模拟呢？

感谢各位老师百忙中的解答！

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-22 19:40
先弄清楚是否把石墨烯当成了周期性计算，即存在跨盒子的bond项并且开了periodic-molecules=yes。如果已经是这样，肯定要把原子wrap进盒子再观看

要么用pull，要么设常加速度组，不能两个都作用到水上。

作者
Author: Yiliuvito 时间: 2026-1-22 19:54

sobereva 发表于 2026-1-22 19:40
先弄清楚是否把石墨烯当成了周期性计算，即存在跨盒子的bond项并且开了periodic-molecules=yes。如果已经是 ...

谢谢社长的回复，我确实是把石墨烯当作周期性结构进行计算的，在NPT之后模拟盒子在xy方向上分别减小了，并且wrap in盒子之后发现有很多层石墨烯，那这样的结构是不能再用来计算后面步骤的么？ (, 下载次数 Times of downloads: 17)

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-23 01:41

Yiliuvito 发表于 2026-1-22 19:54
谢谢社长的回复，我确实是把石墨烯当作周期性结构进行计算的，在NPT之后模拟盒子在xy方向上分别减小了， ...

模拟正常的情况下，不会有这种现象

作者
Author: Yiliuvito 时间: 2026-1-27 16:31

sobereva 发表于 2026-1-23 01:41
模拟正常的情况下，不会有这种现象

感谢社长的回复！我这一段时间一直被这个问题卡住了，还希望您能百忙中再帮忙解答：这种情况的出现是否意味着我的周期性石墨烯连接上有问题？我采用的力场为GAFF力场，水模型为SPCE，还是说我的NPT过程设置有问题呢？我上传我的模拟细节，恳请社长帮忙
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作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-28 02:55

Yiliuvito 发表于 2026-1-27 16:31
感谢社长的回复！我这一段时间一直被这个问题卡住了，还希望您能百忙中再帮忙解答：这种情况的出现是否意 ...

我没时间检查文件
只能告诉你，在VMD里把初始结构载入后显示出相邻周期镜像，弄清楚边缘位置的跨盒子的C-C距离对不对，是否是成键距离；如果是，检查原子序号和拓扑文件里的[bonds]部分，确保有跨盒子的C-C的bond项。并且确保已经periodic-molecules=yes

作者
Author: Yiliuvito 时间: 2026-1-28 20:42

sobereva 发表于 2026-1-28 02:55
我没时间检查文件
只能告诉你，在VMD里把初始结构载入后显示出相邻周期镜像，弄清楚边缘位置的跨盒子的C ...

谢谢社长的解答，根据您说的问题已经解决了

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