计算化学公社

标题: 请教各位老师计算NICS(1)zz的时候如何快速获取所有Bq原子的坐标 [打印本页]

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Author: Fencros7y 时间: 2026-1-22 15:58
标题: 请教各位老师计算NICS(1)zz的时候如何快速获取所有Bq原子的坐标
各位老师好，最近希望对比一批芳环分子的NICS(1)zz数值，由于分子数量比较多且每个分子内的苯环数量也比较多，请问各位老师如何快速得到所有的Bq原子坐标呢（所有原子均共平面，Bq原子均为六元环的中心上方1a）？

我搜索的时候发现了sob老师写的《使用Multiwfn巨方便地绘制二维NICS平面图考察芳香性》，这种方法固然可以，不过我还是希望知道有没有快速获取所有六元环中心Bq原子坐标的方法 :)

作者
Author: UW_0728. 时间: 2026-1-22 16:00
我感觉那个博文里介绍的方法已经足够方便了

作者
Author: yaonaite 时间: 2026-1-22 16:03
本帖最后由 yaonaite 于 2026-1-22 16:04 编辑

这个是我写的一个小工具，不过会把上下的Bq都搞出来，可以试着用用
pyforNICS：基于python和multiwfn的NICS(1)ZZ建模和计算工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 54468&fromuid=69152
(出处: 计算化学公社)

作者
Author: Fencros7y 时间: 2026-1-22 16:14

yaonaite 发表于 2026-1-22 16:03
这个是我写的一个小工具，不过会把上下的Bq都搞出来，可以试着用用
pyforNICS：基于python和multiwfn的NIC ...

感谢分享，我试试看

作者
Author: wangzhe 时间: 2026-1-23 10:30
https://wongzit.github.io/program/pyaroma/
支持一键为所有环添加Bq原子

作者
Author: Fencros7y 时间: 2026-1-23 11:55

wangzhe 发表于 2026-1-23 10:30
https://wongzit.github.io/program/pyaroma/
支持一键为所有环添加Bq原子

完美，感谢老师！如果后面有机会发文章的话我会引用您的文章

作者
Author: Fencros7y 时间: 2026-1-23 15:05
本帖最后由 Fencros7y 于 2026-1-23 16:45 编辑

wangzhe 发表于 2026-1-23 10:30
https://wongzit.github.io/program/pyaroma/
支持一键为所有环添加Bq原子

王老师，我想请教一下，add all Bq之后，在右上角那里删去某些Bq原子的坐标之后save，gjf里还是有被删去的那些Bq原子，请问如何使删去的Bq原子不出现在input gjf里呢？

作者
Author: wangzhe 时间: 2026-1-23 17:03

Fencros7y 发表于 2026-1-23 16:05
王老师，我想请教一下，add all Bq之后，在右上角那里删去某些Bq原子的坐标之后save，gjf里还是有被删去 ...

啊，右上角那个只是用来显示Bq原子坐标的，删掉也不会反映到输入文件里。考虑到非平面分子的情况，默认NICS(r), r不等于0的时候会在环的上下两面添加Bq原子。目前如果想删掉的话只能去输入文件里删除。
我会考虑在下个版本中加入这个功能，谢谢。

如果你用py.Aroma打开NICS的输出文件的话，会自动显示NICS值。不了解你的具体需求，个人感觉不用删也可以快速得到NICS值。
(, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: Fencros7y 时间: 2026-1-23 19:21

wangzhe 发表于 2026-1-23 17:03
啊，右上角那个只是用来显示Bq原子坐标的，删掉也不会反映到输入文件里。考虑到非平面分子的情况，默认NI ...

您说的这个我也找到了。虽然短时间内肯定没法把manual都看一遍，不过我给您提问之后也搜索了一下output的字眼，果然有输出文件分析相关的模块，这样的话确实很快能确定对应的数值。

另外还想请教一下，您这个分子可视化模块可以设置原子颜色或者输出图片吗，感觉还挺好看的。

作者
Author: wangzhe 时间: 2026-1-23 22:23

Fencros7y 发表于 2026-1-23 20:21
您说的这个我也找到了。虽然短时间内肯定没法把manual都看一遍，不过我给您提问之后也搜索了一下output的 ...

输出图片的话可以用matplotlib自带的功能
(, 下载次数 Times of downloads: 3)

源代码里有一个CONSTANT.py文件，里面的第一个函数定义了原子的颜色，可以自行修改

作者
Author: Fencros7y 时间: 2026-1-24 09:27

wangzhe 发表于 2026-1-23 22:23
输出图片的话可以用matplotlib自带的功能

明白！感谢您的耐心回复

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