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标题: 求助使用CP2K在qmmm下进行Mg3Bi2的CI-NEB的计算的问题 [打印本页]

作者
Author: Ying_Zhang 时间: 2026-1-22 19:19
标题: 求助使用CP2K在qmmm下进行Mg3Bi2的CI-NEB的计算的问题
请问下大家，是否有相关经验，采用CP2K的qmmm方法，在金属大体系中（大概1万左右原子），进行插入Mg原子的CI-NEB计算。可行性是否高，大概所需的节点及核数，以及相应的时间，感谢回答！

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-23 02:36
没有特殊前提的话，根本用不着一万原子那么多
说清楚Mg原子具体怎么插入，从哪插到哪，有何必要用QMMM

作者
Author: Ying_Zhang 时间: 2026-1-23 21:51
本帖最后由 Ying_Zhang 于 2026-1-23 21:54 编辑

sobereva 发表于 2026-1-23 02:36
没有特殊前提的话，根本用不着一万原子那么多
说清楚Mg原子具体怎么插入，从哪插到哪，有何必要用QMMM

sob老师，我主要做Mg3Bi2中的位错，因此必须采用一个较大的结构，才能维持住结构的周期性，如果结构较小，当插入位错时会发生较大的畸变，无法维持周期性结构。

因为相关文献（文献在附件中）采用的SIESTA方法进行的，qmmm方法，用qm计算位错核心区域，mm计算非位错核心区域。

插入Mg原子的位置，我尝试过在较小的且不加位错的结构中，找能量较小的间隙位置插入，从而进行CI-NEB计算。

因此我想结合文献的qmmm方法以及我自己算过CI-NEB的步骤，进行在Mg3Bi2的位错核心区域，看插入的Mg原子如何发生迁移与不加位错的Mg3Bi2进行比较，看能垒变化。

感谢sob老师的回复

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-24 13:39

Ying_Zhang 发表于 2026-1-23 21:51
sob老师，我主要做Mg3Bi2中的位错，因此必须采用一个较大的结构，才能维持住结构的周期性，如果结构较小 ...

文献里不过是原子迁移过程的模拟。如果你是往原有晶体里插入一个原子，虽然会造成周围结构明显变化，但应当也不至于用到一万原子的尺度才能足够地避免imposed周期性带来的人为虚假性。1000原子或稍微略多的尺度的超胞应当也足够用了，此时CP2K在像样的机子上直接用DFT就算得动NEB，不重要的区域还可以用小基组，总比用MM强并且省事得多

作者
Author: Ying_Zhang 时间: 2026-1-24 16:45

sobereva 发表于 2026-1-24 13:39
文献里不过是原子迁移过程的模拟。如果你是往原有晶体里插入一个原子，虽然会造成周围结构明显变化，但应 ...

感谢sob老师的回复，麻烦再问一下，不重要的地方用小基组，一个结构中如何同时用两个不同基组？刚接触CP2K，这方面还是不是很清楚，感谢老师解答。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-25 15:40

Ying_Zhang 发表于 2026-1-24 16:45
感谢sob老师的回复，麻烦再问一下，不重要的地方用小基组，一个结构中如何同时用两个不同基组？刚接触CP2 ...

不同区域的原子定义不同KIND，分别定义基组

作者
Author: Ying_Zhang 时间: 2026-1-26 17:19

sobereva 发表于 2026-1-25 15:40
不同区域的原子定义不同KIND，分别定义基组

感谢sob老师的回复，我知道如何进行计算了

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