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标题: 请教molclus做六肽-铵根构型搜索的GROMACS取帧问题 [打印本页]

作者
Author: 王涛 时间: 8 hour ago
标题: 请教molclus做六肽-铵根构型搜索的GROMACS取帧问题
我的体系为六肽-铵根，我学习老师的这篇文章做构型搜索
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 16255&fromuid=84268
(出处: 计算化学公社)

一开始用的帖子里说的用xtb在GFN0-xTB下做动力学模拟，然后发现GFN2-xTB的结果会因为不同的放置位点而又不同的最低能量和结构。
猜测是动力学模拟不全面，所以我改用了GROMACS做动力学，然后取帧进行帖子里的批量优化流程。
我对比了GROMACS和XTB动力学模拟后GFN0-xTB下做批量优化的结果
我发现GROMACS动力学的批量优化输出文件很大，结构很多，isostat对结构去重和做能量排序后，最后一个结构为：Energy = 1.00000000 a.u. #Cluster: 1961，而且有很多Energy = 1.00000000 a.u. 的结构。而xtb动力学模拟的输出文件比较小，最后一个结构为 113 Energy = -20.73303954 a.u. #Cluster: 268。我还对比了一下两个方法最低的能量，发现GROMACS的最低能量要高于xtb做的。
我GROMACS动力学跑了20ns，取了2000帧；XTB是按照帖子里的100ps，取2000帧
我想请教一下：
1.我的GROMACS动力学跑的时间很长，都没有取到xtb里能量最低的结构。这一点是什么原因应该如何解决呢？
2.对于GROMACSisostat对结构去重和做能量排序后还是结构数量还是很多，我是不是应该提高能量去重阈值(kcal/mol)和结构去重阈值(埃)，比如改成1？或者只取前300进行下一步的GFN2-xTB？

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