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标题: scan找最优的过渡态初猜结构运行时间长 [打印本页]

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Author: kkkkkkkkkk 时间: 5 hour ago
标题: scan找最优的过渡态初猜结构运行时间长
本帖最后由 kkkkkkkkkk 于 2026-1-23 12:43 编辑

请问用scan去找最优的过渡态初猜结构，运行时间长，是正常的吗，需要修改关键词吗，下面是gjf文件的代码
我是将叔丁氧自由基与利多卡因分别进行了优化，然后再合并，将叔丁氧自由基的氧对准要算的氢，把距离控制在了1.8左右，然后开始scan，但有人说应该先把两个分子先合并再优化，然后直接去scan，应该怎么做啊
%nprocshared=10%mem=32GB
%chk=scan12.chk
#p opt=modredundant uwb97xd/6-31g(d,p) nosymm

sc12

0 2
C                -2.25439499 -1.56296002 -1.54483878
C                -1.94355986 -1.59739762 -2.89878192
C                -1.01488981 -0.70485224 -3.41647572
C                -0.37917713 0.23417624 -2.60255316
C                -0.68723400 0.23634440 -1.23430005
C                -1.63034184 -0.65241345 -0.69547320
C                -1.96011371 -0.61901190 0.77389661
N                -0.07751649 1.17663995 -0.36421391
C                0.59185724 1.21975311 -3.19087304
C                1.25792499 1.26873550 -0.10830183
C                1.59706281 2.36319734 0.90563423
O                2.12994632 0.60967304 -0.64669471
N                0.50292126 2.66709874 1.81877874
C                0.51549015 4.06289680 2.25986490
C                0.48266067 1.70961767 2.92778062
C                -0.02641094 5.01011938 1.19612953
C                -0.85603609 1.65013870 3.65203504
H                -2.98303533 -2.25703370 -1.13560476
H                -2.42996083 -2.31599605 -3.55069684
H                -0.78174971 -0.72161706 -4.47732757
H                -1.05297777 -0.64426165 1.38584356
H                -2.58545450 -1.46974685 1.05307857
H                -2.50831800 0.29212634 1.04352108
H                -0.64632563 1.71340310 0.28304772
H                0.49903096 1.25327862 -4.27889235
H                0.41202428 2.22525699 -2.79697162
H                1.61748144 0.94952830 -2.92567815
H                2.51916715 2.05675787 1.42113044
H                1.84565341 3.25323536 0.31916975
H                1.52925132 4.37038642 2.57135353
H                -0.11657539 4.14381233 3.14763489
H                0.69225658 0.72179739 2.50302660
H                1.29735731 1.91790828 3.64457164
H                -1.05238116 4.73641371 0.93610061
H                0.56991015 4.98759119 0.27917928
H                -0.02230228 6.03964558 1.56502792
H                -1.66355050 1.45118321 2.94263320
H                -0.84337828 0.84719840 4.39420325
H                -1.08958162 2.57863448 4.18005859
C                2.58464344 -1.71545269 1.78299484
C                3.40104831 -2.17788639 2.99905908
C                1.85919496 -2.88765783 1.10546774
O                1.69544904 -0.72704544 2.13633960
C                3.51263288 -1.00345367 0.76050731
H                3.90379542 -1.32523584 3.46208972
H                4.15227206 -2.91818857 2.70714145
H                2.74163788 -2.63480458 3.74238567
H                1.28522061 -2.53028335 0.24697579
H                2.57232484 -3.64521362 0.76612635
H                1.16847900 -3.35967006 1.80992044
H                4.01592827 -0.15446268 1.22751124
H                4.26296307 -1.72244338 0.41990675
H                2.93701625 -0.65208392 -0.09820290

B 43 32 S 15 0.1

作者
Author: sobereva 时间: 5 hour ago
要么直接上传输入文件，要么确保贴出来之后空行显示正确。当前明显换行都不对。
不要乱用“代码”这个词，分清楚代码和关键词，看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

scan通常默认是指的刚性扫描，你当前做的是柔性扫描（relaxed scan）。对于你这样的不小的体系，而且只有区区10核，柔性扫描耗时不高才怪。
倘若你能估计一个大概合适的过渡态时的键长，直接做限制性优化，或者只在比较小的范围内扫较少数目的点就完了。
“先把两个分子先合并再优化，然后直接去scan” 别随便效仿

作者
Author: wal 时间: 5 hour ago
合并优化的意思是让你先把复合物优化出来从复合物结构出发做扫描

作者
Author: kkkkkkkkkk 时间: 5 hour ago

sobereva 发表于 2026-1-23 12:37
要么直接上传输入文件，要么确保贴出来之后空行显示正确。当前明显换行都不对。
不要乱用“代码”这个词， ...

好的好的，谢谢，已经修改好了

作者
Author: kkkkkkkkkk 时间: 5 hour ago

wal 发表于 2026-1-23 12:41
合并优化的意思是让你先把复合物优化出来从复合物结构出发做扫描

好的，谢谢

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