计算化学公社

标题: 在做npt之后发现分子乱跑并且不正常扭曲 [打印本页]

作者
Author: lixinn 时间: 2026-1-24 00:02
标题: 在做npt之后发现分子乱跑并且不正常扭曲
大家好，
背景：
我的东西是一个多晶型，然后我准备以其中一个晶型为准做一个升温的动力学，看它会不会发生相变
因为我的结构是一类席夫碱，有卤素取代
所以选的GAFF力场
操作过程:
构建超晶胞2*2*2
mercury导出pdb文件
sobtop导出拓扑文件
能量最小化
常温npt
从常温到473.15K，50K一个温度间隔
做了一系列不同温度下的npt
最后收集数据
检查过程：
结构文件与拓扑文件相对应，拓扑文件里该有的都有
能量最小化之后结构还正常
现象与问题：
在第一次常温下npt之后，分子乱跑并且不正常扭曲
第一次升温到348.15K-npt,分子扭曲的更不正常
请问这种情况是因为什么呀？
我应该从哪些方面进行改正
感谢🙏🏻
以下是我操作过程中的文件和图片

作者
Author: KazusaT 时间: 2026-1-24 08:05
itp文件原子电荷都是0

作者
Author: pal 时间: 2026-1-24 09:17
为什么用整个体系构建力场，不合适你研究的目的

作者
Author: lixinn 时间: 2026-1-24 13:44

pal 发表于 2026-1-24 09:17
为什么用整个体系构建力场，不合适你研究的目的

您好，谢谢您的回复，请问我应该这么构建立场才能更好的适用于我的目的，非常感谢您的回复

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-24 15:08

lixinn 发表于 2026-1-24 13:44
您好，谢谢您的回复，请问我应该这么构建立场才能更好的适用于我的目的，非常感谢您的回复

先把sobtop主页的FAQ部分好好看了，特别是http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4
而且把网页里的教程看完整，别断章取义、跳过关键步骤。原子电荷都没有完全是瞎算

作者
Author: lixinn 时间: 2026-1-26 09:52

sobereva 发表于 2026-1-24 15:08
先把sobtop主页的FAQ部分好好看了，特别是http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4
而且把网页里的教程看 ...

谢谢老师，我用multiwfn把原子电荷提出来，放我的mol2里面了

作者
Author: lixinn 时间: 2026-1-26 16:40

KazusaT 发表于 2026-1-24 08:05
itp文件原子电荷都是0

谢谢，我把电荷补上了，请问这个拓扑文件还有其他问题吗，

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