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标题: Multiwfn与VMD做IGMH图时片段选择不同导致图像表达与相互作用事实矛盾 [打印本页]

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Author: sfj 时间: 2026-1-24 03:02
标题: Multiwfn与VMD做IGMH图时片段选择不同导致图像表达与相互作用事实矛盾
各位老师好，我在用Multiwfn与VMD做过渡态的IGMH分析图时遇见片段选择不同导致图像表达与相互作用事实矛盾，Zn1–O1 距离为 2.88 Å，按 Zn–O 配位范围判断应属于弱配位作用；而且我在 IGMH 作图时如果把 O1 片段也纳入显示范围，确实能看到 Zn1–O1 的一点相互作用等值面。但一旦把 O1 选进去， C2 相关区域（断键/成键区域）的等值面严重叠加，画面非常拥挤，导致过渡态关键成键断键特征反而不清楚。所以我目前作图时为了清晰没有选 O1，结果图中 Zn1–O1 相互作用不显示，这种情况如何同时在一张图中兼顾两种情况？计算新手小白，麻烦各位老师了，谢谢！

作者
Author: pal 时间: 2026-1-24 09:25
图1中出现的那个好像是O1和C2之间的作用吧，这两个不是应该作为同一个片段么

作者
Author: sfj 时间: 2026-1-24 13:48

pal 发表于 2026-1-24 09:25
图1中出现的那个好像是O1和C2之间的作用吧，这两个不是应该作为同一个片段么

对的，是O1和C2之间的作用，C1C2O1OO2其实都在一个结构内，但是我为了重点突出C2与O2之间的成键作用，便把片段拆分了，所以现在就出现了矛盾

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-24 16:02
我不知道你要通过IGMH到底想展现什么片段间的相互作用，没这个前提没法回答。必须通过示意图说清楚片段。如果没有确切的片段定义要求，用IRI
若要着重展现Zn1–O1间的相互作用，这俩原子应在不同片段里

作者
Author: sfj 时间: 2026-1-24 18:05

sobereva 发表于 2026-1-24 16:02
我不知道你要通过IGMH到底想展现什么片段间的相互作用，没这个前提没法回答。必须通过示意图说清楚片段。如 ...

抱歉老师，是我没表达清楚，这个是一个闭环的过渡态，C2与O2要成键，所以我想重点突出C2与O2之间产生了较强的吸引作用，由于C1C2O1O2均在一个分子结构内，所以我把这个分子结构拆成了两个片段，代价就是不能将O1选进去，因为一旦选进去就会出现图1这种C2与O1的红色排斥力。但是可以看到Zn1与O1之间具有一定的配位作用（图1的黑色圈内），如果O1不选进去这个配位作用就消失（图2的黑色圈内），现在就很矛盾，需要取舍，就想问问老师有没有什么办法两者兼顾：既显示Zn1与O1的配位作用，还能突出C2与O2的吸引作用，不产生图1那种红色排斥力。麻烦老师了，谢谢老师

作者
Author: SharkYYX2025 时间: 2026-1-25 00:23
我不太确定是不是正确理解了你的意思。。。我建议可以试试做两次IGMH，第一显示Zn1与O1的配位作用，第二显示C2与O2的吸引作用。每次定义片段的时候就选你想要的那一两个原子。然后把输出文件都一起载入，等值面是两个分开的。

此贴第五节有个压缩包教程，可以参考
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 http://sobereva.com/621

作者
Author: sfj 时间: 2026-1-25 17:47

SharkYYX2025 发表于 2026-1-25 00:23
我不太确定是不是正确理解了你的意思。。。我建议可以试试做两次IGMH，第一显示Zn1与O1的配位作用，第二显 ...

好的！我刚刚试了试这样是可以的，解决了我的这个问题！谢谢！但我还想请问一下，这种两次IGMH结果一次载入显示在同一张图的方法，可以直接用吗？写论文的时候还需要单独说明吗？

作者
Author: SharkYYX2025 时间: 2026-1-25 22:44

sfj 发表于 2026-1-25 17:47
好的！我刚刚试了试这样是可以的，解决了我的这个问题！谢谢！但我还想请问一下，这种两次IGMH结果一次载 ...

可以直接用的，在分析的时候说明相互作用位点就行。然后也可以考虑加上那个散点图，两张图分别描述相互作用。
IGMH的片段本身就是自己定义，应该不需要说明。
如果你写定义了两次然后合在一起，很可能被审稿人提问，然后给自己增加工作量。所以不用说明，解释不了的地方尽量回避

作者
Author: sfj 时间: 2026-1-26 01:16

SharkYYX2025 发表于 2026-1-25 22:44
可以直接用的，在分析的时候说明相互作用位点就行。然后也可以考虑加上那个散点图，两张图分别描述相互作 ...

收到！谢谢！非常感谢！祝你天天开心，万事胜意！

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