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标题: 布朗动力学计算出错 LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: r... [打印本页]

作者
Author: tanghuanhgd 时间: 2017-5-9 08:37
标题: 布朗动力学计算出错 LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: r...
老师：
我做碳纳米材料（C60，石墨烯和氧化石墨烯）的布朗动力学。动力学之前我做了最小化和NVT平衡，做C60（所有碳原子不带电）时正常运行，但是做石墨烯和氧化石墨烯时一直出错，感觉跟体系中有带电原子有关。请问老师该怎么解决？
md.mdp:
title = BD for graphene oxide
integrator = bd
nsteps = 20000000
dt       = 0.0005

; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS
bd-fric                = 0
ld-seed                = -1
; Output control
nstxout          = 5000
nstvout          = 5000
nstenergy          = 5000
nstlog          = 5000
nstxout-compressed  = 5000
cutoff-scheme = group
nstlist  = 10
nstcalclr = -1
ns-type  = simple
pbc = xyz
; Electrostatics
coulombtype       = Cut-off
vdwtype =  Cut-off

implicit-solvent = GBSA
gb-algorithm = OBC
nstgbradii = 1
rgbradii = 1
gb-epsilon-solvent = 80
gb-saltconc = 0
gb-obc-alpha =1
gb-obc-beta = 0.8
gb-obc-gamma =4.85
gb-dielectric-offset = 0.009
sa-algorithm = Ace-approximation
sa-surface-tension = 2.05016
; Bond parameters
continuation          = yes ; Restarting after NPT
constraints             = all-bonds
constraint-algorithm = LINCS
tcoupl  = V-rescale
tc-grps             = System
tau_t             = 0.1
ref_t             = 300
gen_vel = yes ; Velocity generation is off
; Pressure coupling is on
pcoupl          = berendsen
pcoupltype          = isotropic
tau_p          = 2.0
ref_p          = 1.0
compressibility    = 4.5

出错信息
Step 15, time 0.0075 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.078024, max 1.072690 (between atoms 62 and 64)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length

Fatal error:
Too many LINCS warnings (1007)
If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold in your mdp file
or set the environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1,
but normally it is better to fix the problem
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-9 12:40
不晓得你的体系具体结构什么样，何不做标准的显式溶剂下的MD模拟？结果比BD+GB会明显合理得多。

而且当前步长这么小，用约束也没有意义，去掉约束。

作者
Author: tanghuanhgd 时间: 2017-5-9 20:57
谢谢老师回答
石墨烯的结构： (, 下载次数 Times of downloads: 48)
把约束去掉也不行，还是出错。感觉是模型问题，但是实在不知道哪里有问题，这个模型做MD就没问题。审稿人要求分析布朗运动轨迹，所以才算的BD

作者
Author: you837554 时间: 2020-1-6 15:55

tanghuanhgd 发表于 2017-5-9 20:57
谢谢老师回答
石墨烯的结构：
把约束去掉也不行，还是出错。感觉是模型问题，但是实在不知道哪里有问题， ...

您好！请问您解决这个问题了吗我在计算溶剂化自由能时也遇到了这个问题

作者
Author: Xurr 时间: 2024-9-14 16:23
您好，请问布朗动力学能只针对体系中的水分子（或者水分子中的氧原子）施加阻力吗？

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