计算化学公社

标题: 分享VMD里适用晶格/分子的柔和配色 [打印本页]

作者
Author: SharkYYX2025 时间: 17 hour ago
标题: 分享VMD里适用晶格/分子的柔和配色
本帖最后由 SharkYYX2025 于 2026-1-25 01:47 编辑

我在这篇文献看到画的图配色非常好看，很优雅 https://doi.org/10.1038/s41524-025-01615-4 (, 下载次数 Times of downloads: 2)
一般周期性体系拿vesta显示比较常见（指我研究领域的文章），但VMD更灵活更强大。
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

这个风格不太常见，然后我拿VMD试着调了个类似的。
如果直接用goodcell风格默认参数，看着没那么精致，所以下面的是参考那个文献漂亮图调过的参数。文献没给画图细节，我试着调的，尽量接近

可以直接把此段代码复制到VMD窗口。
也可以用下面脚本 (, 下载次数 Times of downloads: 0) ，把脚本放到VMD所在目录，在窗口输入source goodcell.vmd，下次用比较方便

light 0 on
light 1 off
light 2 on
light 3 off
material change ambient Goodsell 0.650000
material change diffuse Goodsell 1.000000
material change specular Goodsell 0.100000
material change shininess Goodsell 1.000000
material change mirror Goodsell 0.000000
material change opacity Goodsell 0.700000
material change outline Goodsell 3.300000
material change outlinewidth Goodsell 0.600000

复制代码

注，如果直接在VMD里面看，颜色很浅。我是拿Tachyon渲染后得到图片。
下面是一些调色实例，xyz结构无严格化学意义，仅展示效果用
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
使用方法：手动把材质选成goodcell。然后根据喜好调整颜色、显示方式等
用到的xyz文件 (, 下载次数 Times of downloads: 2)    (, 下载次数 Times of downloads: 0)

VMD相关参考如下，不熟悉的可以移步
分类 VMD 下的文章 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元  http://sobereva.com/category/VMD/
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元  http://sobereva.com/624
VMD里原子选择语句的语法和例子 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元  http://sobereva.com/504
VMD调色盘 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社  http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 57855&highlight=VMD

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)