计算化学公社

标题: 求助福井函数f+值和其等值面图相矛盾 [打印本页]

作者
Author: moiraaa 时间: 2026-1-26 18:33
标题: 求助福井函数f+值和其等值面图相矛盾
本帖最后由 moiraaa 于 2026-1-28 19:41 编辑

请问各位老师，之前拜读社长的文章，我计算的福井函数f+值和其等值面图相矛盾：
等值面图显示8，9，17，18，30，7，38，16，26，25，28，34，32，37是红色的区域，亲核反应比较强而数据则显示21，22比较好
不知道是我的操作哪里出了问题吗？

画分子表面的f+的填色等值面图的操作：
N+1.fch
5 →1→2→2→然后手动把文件改名为N+1.cub→0→5→0→1→-,N+1.fch→1→2→2，得到f+.cub
然后在Gaussview中：
把N+1.cub拖到gview里
Results - Surfaces/Contours
Cube Actions - Load Cube，选f+.cub，选中第一个，把Density框里的数值改为0.01，Surface Actions - New Mapped Surface - OK

得到简缩福井函数数据的操作：
打开Multiwfn，载入我算的三个文件（用N结构优化后，再N+1，N-1计算单点能，再用Multiwfn的转换文件功能转换成wfn文件），22，2 Calculate various quantitative indices，得到如下

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-28 15:16
表格里那叫简缩福井函数不叫福井函数，认真看下文
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）
亲电取代反应中活性位点预测方法的比较（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract28694.shtml）
Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction（https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11426-015-5494-7）

gview里显示的是分子表面的f+的填色等值面图，不能叫等值面图，这和f+的等值面图完全是两码事。

若不给出色彩刻度，填色图则毫无意义。

另外，f+预测亲核反应位点本来就比较烂，准确度差，仔细看
Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction（https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11426-015-5494-7）
TCA上的一篇对比不同原子电荷预测反应位点、亲电/亲核性的文章（http://bbs.keinsci.com/thread-15512-1-1.html）

还不如用Multiwfn算Hirshfeld电荷、LEAE（下文）、双描述符等讨论
使用Multiwfn通过局部电子附着能(LEAE)考察亲核反应位点、难易及弱相互作用
http://sobereva.com/676（http://bbs.keinsci.com/thread-38416-1-1.html）

作者
Author: moiraaa 时间: 2026-1-28 19:44
本帖最后由 moiraaa 于 2026-1-28 20:28 编辑

sobereva 发表于 2026-1-28 15:16
表格里那叫简缩福井函数不叫福井函数，认真看下文
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva. ...

谢谢社长的纠正，已经修改帖子。
色彩刻度是0.001和-0.001
因为同事要拼这张图，所以就算了那个简缩福井函数
社长，现在有两个问题想请教您:
1.有没有什么办法可以既满足他的要求，又能很准确？2.这个填色等值面图和简缩福井函数相矛盾，那两个预测的都是有问题的吗。我算的f0和f-的简缩福井函数和填色等值面不矛盾，这个应该是比较准确的吧

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-29 03:48

moiraaa 发表于 2026-1-28 19:44
谢谢社长的纠正，已经修改帖子。
色彩刻度是0.001和-0.001
因为同事要拼这张图，所以就算了那个简缩福 ...

色彩刻度要体现颜色变化方式
图片放到文章里必须给出color bar

“拼这张图”语义不明
都已经说了不建议用f+
简缩福井函数总能和分子表面福井函数填色图（恰当选取电子密度等值面数值和色彩刻度范围的情况下）对应上。另外，福井函数等值面图比填色图更常用

作者
Author: moiraaa 时间: 2026-1-29 10:03

sobereva 发表于 2026-1-29 03:48
色彩刻度要体现颜色变化方式
图片放到文章里必须给出color bar

好的，社长，已经我会把色彩刻度也放在一张图里
下面是我选取的不同的色彩刻度的填色等值面图（isoval=0.01）
但是红色部分还是和简缩福井函数对应不上
请问社长，怎么恰当选取isoval和色彩刻度呢？
我已经将文件上传，麻烦社长有空时可以帮我看一下，不胜感激！！！
通过网盘分享的文件：新建文件夹
链接: https://pan.baidu.com/s/1Qe2ix9CHFtzgF9TtUe69IA 提取码: xiz5（“MB0”代表电荷为0的文件，MB为电荷为1，"MB2"代表电荷为2，N,N+1,N-1的电荷分别为1，0，2）

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-29 16:17
你先看Multiwfn直接显示的f+的等值面图，像下文那样，这最清楚直观。把f+等值面图的特征和简缩福井函数对上了，再去试图对照f+等值面图和分子表面f+填色图。
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484（http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html）

当前你的格点数据看起来可能有问题。先确保能完整重复下文的福井函数填色图例子，避免细节弄错了
基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法
http://sobereva.com/402（http://bbs.keinsci.com/thread-7756-1-1.html）
我现在不方便检查你的文件

作者
Author: moiraaa 时间: 2026-1-29 16:57

sobereva 发表于 2026-1-29 16:17
你先看Multiwfn直接显示的f+的等值面图，像下文那样，这最清楚直观。把f+等值面图的特征和简缩福井函数对上 ...

好的，谢谢社长，我先去做等值面图

作者
Author: moiraaa 时间: 2026-1-30 21:01

sobereva 发表于 2026-1-29 16:17
你先看Multiwfn直接显示的f+的等值面图，像下文那样，这最清楚直观。把f+等值面图的特征和简缩福井函数对上 ...

社长，我去做了f+的等值面图，基本上吻合简缩福井函数但是22N那里的蓝色很少，这个点不是很吻合，请问社长是什么原因呢？
我又重新做了一遍f+的填色等值面图，还是下面的操作，
得到的图也是这个（isoval=0.01）
通过网盘分享的文件：2
链接: https://pan.baidu.com/s/1UBxj2IOmBHjBD8sjuDMfpw?pwd=u62v 提取码: u62v

下面是我的文件
请您有空时可以帮我看一下，不胜感激！！!

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-31 05:17

moiraaa 发表于 2026-1-30 21:01
社长，我去做了f+的等值面图，基本上吻合简缩福井函数但是22N那里的蓝色很少，这个点不是很吻合，请问社 ...

N.fch和N+1.fch里的原子序号根本不一样，进入Multiwfn主功能0一看便知
先确保所有波函数文件里相同序号的原子的坐标都一样再说，否则结果都是错的

作者
Author: moiraaa 时间: 2026-1-31 10:11

sobereva 发表于 2026-1-31 05:17
N.fch和N+1.fch里的原子序号根本不一样，进入Multiwfn主功能0一看便知
先确保所有波函数文件里相同序号 ...

好的，社长，真的是一语道破梦中人，感谢社长

作者
Author: moiraaa 时间: 2026-1-31 17:19
本帖最后由 moiraaa 于 2026-1-31 17:43 编辑

sobereva 发表于 2026-1-31 05:17
N.fch和N+1.fch里的原子序号根本不一样，进入Multiwfn主功能0一看便知
先确保所有波函数文件里相同序号 ...

社长，想请教您几个问题：
1.是不是f+,f-,f0的填色等值面都要看蓝色越深的地方,反应活性越大？
2.在vmd中看f+,f-,f0是不是就是看绿色的部分，反应活性越大？
3.画f+的等值面图时，按照博文402的操作得到的第一个density.cub是不是N+1.cub？
4.画f+的填色等值面图时，是把N+1.cub拖到gview里，载入f+吗？
5.画f0的填色等值面，是不是把N.cub拖到gview里，载入f0吗

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-1 00:39

moiraaa 发表于 2026-1-31 17:19
社长，想请教您几个问题：
1.是不是f+,f-,f0的填色等值面都要看蓝色越深的地方,反应活性越大？
2.在vmd ...

1、2 每次提问都要描述完整、严谨，先说清楚绿色和蓝色是什么含义，哪个是正那个是负

3 你载入的是哪个态的fch文件，Multiwfn产生的电子密度cub文件就对应哪个态的电子密度

4、5 都用N态的电子密度格点数据定义电子密度的等值面

作者
Author: moiraaa 时间: 2026-2-1 16:41

sobereva 发表于 2026-2-1 00:39
1、2 每次提问都要描述完整、严谨，先说清楚绿色和蓝色是什么含义，哪个是正那个是负

3 你载入的是哪 ...

谢谢社长的解答
1蓝色是正的，红色是负的
2绿色是正，蓝色是负

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-2 03:40

moiraaa 发表于 2026-2-1 16:41
谢谢社长的解答
1蓝色是正的，红色是负的
2绿色是正，蓝色是负

某种福井函数越正的地方，暗示（但不一定真的准确）相应类型反应在此处发生的可能性越大。
也要注意局限性（不限于福井函数），参考量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班（http://www.keinsci.com/WFN）这页幻灯片我的总结：

(, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: moiraaa 时间: 2026-2-2 09:49

sobereva 发表于 2026-2-2 03:40
某种福井函数越正的地方，暗示（但不一定真的准确）相应类型反应在此处发生的可能性越大。
也要注意局限 ...

好的，谢谢社长！！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)