计算化学公社

标题: 模拟晶体，添加原子电荷后进行npt分子不正常扭曲 [打印本页]

作者
Author: lixinn 时间: 2026-1-27 16:55
标题: 模拟晶体，添加原子电荷后进行npt分子不正常扭曲
本帖最后由 lixinn 于 2026-1-30 10:36 编辑

大家好，经过各位老师的指导，我做了以下改正
背景：
我的东西是一个多晶型，然后我准备以其中一个晶型为准做一个升温的动力学，看它会不会发生相变
因为我的结构是一类席夫碱，有卤素取代
所以选的GAFF力场
操作过程:
用一个分子的mol2文件建立了itp,把电荷附上。命名为4CCO.ITP
再用这个mol2转换成gro文件，建了一个很大的盒子，插了17分子进去。命名17.gro
再整合到总的top文件里tt.top。我检查了扩展后gro文件和itp文件的原子顺序，是一致的。
在这个过程中我发现电荷较大，我就跟着书上的指示调整了每个分子中H的电荷，尽量归于0。
能量最小化之后产生的gro文件，是正常的，但是npt产生的gro文件就是一半正常，一半扭曲。
以下是我操作过程中的文件和图片

作者
Author: pal 时间: 2026-1-27 17:03
之前的帖子不是提过了http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4，不要用sobtop对整个体系产生itp，用单个分子的itp

作者
Author: lixinn 时间: 2026-1-27 17:37

pal 发表于 2026-1-27 17:03
之前的帖子不是提过了http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4，不要用sobtop对整个体系产生itp，用单个分子 ...

谢谢老师，我用sobtop产生单分子的itp后，在进行扩胞，然后继续后面的模拟，请问这样对吗

作者
Author: pal 时间: 2026-1-27 19:22

lixinn 发表于 2026-1-27 17:37
谢谢老师，我用sobtop产生单分子的itp后，在进行扩胞，然后继续后面的模拟，请问这样对吗

是的

作者
Author: lixinn 时间: 2026-1-28 15:49

pal 发表于 2026-1-27 19:22
是的

谢谢老师，但是我有个疑问，因为我最初是根据sobtop文件里的二氧化硅晶体这个案列做的，我看这个是先扩胞后产生的itp文件

作者
Author: pal 时间: 2026-1-28 15:59

lixinn 发表于 2026-1-28 15:49
谢谢老师，但是我有个疑问，因为我最初是根据sobtop文件里的二氧化硅晶体这个案列做的，我看这个是先扩胞 ...

不是同类型的体系，SiO2在力场中是需要整个的键连信息的，你这个分子间是范德华力

作者
Author: lixinn 时间: 2026-1-28 16:51

pal 发表于 2026-1-28 15:59
不是同类型的体系，SiO2在力场中是需要整个的键连信息的，你这个分子间是范德华力

谢谢老师，我对单分子产生itp文件之后，我把之前扩展好的结构文件加上单分子的itp文件一起放到一个我新建立的top里面，请问这样对吗?这个是我新top文件的内容：#include "4CC-O.itp"

[ system ]
16 molecules of 4CC-O

[ molecules ]
4CC-O 16
我在进行进行能量最小化的时候，说我的itp中的atomtypes顺序无效

作者
Author: pal 时间: 2026-1-28 19:09

lixinn 发表于 2026-1-28 16:51
谢谢老师，我对单分子产生itp文件之后，我把之前扩展好的结构文件加上单分子的itp文件一起放到一个我新建 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-14401-1-1.html

作者
Author: lixinn 时间: 2026-1-28 20:51

pal 发表于 2026-1-28 19:09
http://bbs.keinsci.com/thread-14401-1-1.html

谢谢老师，我在总top文件里加了default,之后就正常运行了，现在在能量最小化之后，分子不正常扭曲，还四分五裂了，

作者
Author: pal 时间: 2026-1-29 08:57

lixinn 发表于 2026-1-28 20:51
谢谢老师，我在总top文件里加了default,之后就正常运行了，现在在能量最小化之后，分子不正常扭曲，还四 ...

建议检查力场里的原子顺序和gro文件里的原子顺序是不是都一一对应

作者
Author: lixinn 时间: 2026-1-30 10:15

pal 发表于 2026-1-29 08:57
建议检查力场里的原子顺序和gro文件里的原子顺序是不是都一一对应

感谢老师，我重新弄了一下，用一个分子的mol2文件建立了itp,把电荷附上。再用这个mol2转换成gro文件，建了一个很大的盒子，插了17分子进去。再整合到总的top文件里。我检查了扩展后gro文件和itp文件的原子顺序，是一致的。在这个过程中我发现电荷较大，我就跟着书上的指示调整了每个分子中H的电荷，尽量归于0，能量最小化之后产生的gro文件，是正常的，但是npt产生的gro文件就是一半正常，一半扭曲。我把这个过程中产生的文件放在我帖子里编辑添加的附件

作者
Author: pal 时间: 2026-1-30 10:49
N和相邻的C的力场应该是有问题的，不是平面的

作者
Author: pal 时间: 2026-1-30 10:50

lixinn 发表于 2026-1-30 10:15
感谢老师，我重新弄了一下，用一个分子的mol2文件建立了itp,把电荷附上。再用这个mol2转换成gro文件，建 ...

N和相邻的C的力场应该是有问题的，不是平面的

作者
Author: lixinn 时间: 2026-1-30 17:14

pal 发表于 2026-1-30 10:50
N和相邻的C的力场应该是有问题的，不是平面的

好的，谢谢老师，我用了OPLSAA力场，用官方的软件生成了gro文件和itp文件，和之前一样整合到top文件里，唯一的进步是npt之后，只有一半的分子不在自己的位置上，仅有一点扭曲。因为我的目的是为了升温看晶型结构转变，我需要再npt之前做nvt吗？我看书里说直接做npt就行

作者
Author: pal 时间: 2026-1-30 18:58
本帖最后由 pal 于 2026-1-31 09:15 编辑

lixinn 发表于 2026-1-30 17:14
好的，谢谢老师，我用了OPLSAA力场，用官方的软件生成了gro文件和itp文件，和之前一样整合到top文件里， ...

不需要做nvt，npt就行，初始结构可以直接按照晶体结构构建

作者
Author: lixinn 时间: 2026-1-30 20:25

pal 发表于 2026-1-30 18:58
不需要做npt，nvt就行，初始结构可以直接按照晶体结构构建

好的，谢谢老师，那我就是只做nvt进行温度平衡，后续升温，也是在nvt的基础上进行升温

作者
Author: lixinn 时间: 2026-1-30 21:22

pal 发表于 2026-1-30 18:58
不需要做npt，nvt就行，初始结构可以直接按照晶体结构构建

谢谢老师，是nvt嘛？那我就只做每个温度下的nvt进行平衡温度

作者
Author: pal 时间: 2026-1-31 09:14
本帖最后由 pal 于 2026-1-31 09:20 编辑

lixinn 发表于 2026-1-30 20:25
好的，谢谢老师，那我就是只做nvt进行温度平衡，后续升温，也是在nvt的基础上进行升温

不好意思说反了,应该是做npt，可以参考结冰的体系，使用packmol建立冰水两相，低温高压下进行NPT，冰却融化了 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社，不过感觉你的分子太少了

作者
Author: lixinn 时间: 2026-1-31 09:57

pal 发表于 2026-1-31 09:14
不好意思说反了,应该是做npt，可以参考结冰的体系，使用packmol建立冰水两相，低温高压下进行NPT，冰却融 ...

谢谢老师，因为我想先用少点看看行不行，然后再用多点，这个冰的案例，我在书上也看到了，一开始也是按照它来做的，但是我这个npt在常温下就容易发生分子扭曲，而且位置也变了，我一开始以为时间太短，增加到3ns也还是这样，我是不是应该弄多一点，

作者
Author: lixinn 时间: 2026-1-31 10:16

pal 发表于 2026-1-31 09:14
不好意思说反了,应该是做npt，可以参考结冰的体系，使用packmol建立冰水两相，低温高压下进行NPT，冰却融 ...

而且压力波动很大

作者
Author: lixinn 时间: 2026-1-31 11:03

pal 发表于 2026-1-31 09:14
不好意思说反了,应该是做npt，可以参考结冰的体系，使用packmol建立冰水两相，低温高压下进行NPT，冰却融 ...

我增加分子量之后，我在grace里面看基本上压力，密度，温度，总能量，最后的很平稳了，唯一的不对，就是我打开npt的gro文件，分子乱扭，没有像能量最小化那样排布

作者
Author: pal 时间: 2026-2-2 09:02

lixinn 发表于 2026-1-31 11:03
我增加分子量之后，我在grace里面看基本上压力，密度，温度，总能量，最后的很平稳了，唯一的不对，就是 ...

你这里的分子乱扭，建议检查一下力场里面设定的对应键角和二面角是否与预期一致

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