计算化学公社

标题: 结构优化能量收敛且没有虚频但是优化结构与初始构型严重跑偏 [打印本页]

作者
Author: TanJing 时间: 2026-1-27 22:04
标题: 结构优化能量收敛且没有虚频但是优化结构与初始构型严重跑偏
各位老师好，我做的是一个四核物质的几何优化，优化结果显示能量收敛以及没有虚频但是结构严重不合理想问问各位老师这种情况的结果是可靠的吗
所用的基组是b3lyp/genecp Cu用的是SDD 其余原子是6-31g*
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下面是该结构的输入文件的构型是
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输出文件的结果是
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下面是输入跟输出文件
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作者
Author: KazusaT 时间: 2026-1-27 22:26
B3LYP泛函用在这里不合适吧，可以用TPSS或PBE0等，参考简谈量子化学计算中DFT泛函的选择

不过这里我也没有看出来“结构严重不合理”在哪

作者
Author: UW_0728. 时间: 2026-1-27 22:37

KazusaT 发表于 2026-1-27 22:26
B3LYP泛函用在这里不合适吧，可以用TPSS或PBE0等，参考简谈量子化学计算中DFT泛函的选择

不过这里我也没 ...

B3LYP-D3(BJ)的确不是最佳，但一般来说也不是不能接受；PBE0-D3(BJ)或TPSSh-D3(BJ)得到的结果肯定更合理，但多数情况也不至于总体几何结构上与B3LYP-D3(BJ)优化的结果相差太显著

作者
Author: UW_0728. 时间: 2026-1-27 22:40
本帖最后由 UW_0728. 于 2026-1-27 22:44 编辑

光从计算级别看没什么特别不合理的地方，优化成啥就是啥（好奇你口中“结构严重不合理”具体是指什么地方）；不放心的话按2L建议的改用PBE0-D3(BJ)优化下看看会怎么样

还有就是你opt关键词里咋那么冗长，最不理解的是干嘛opt里面加个noraman？

作者
Author: TanJing 时间: 2026-1-27 22:46

KazusaT 发表于 2026-1-27 22:26
B3LYP泛函用在这里不合适吧，可以用TPSS或PBE0等，参考简谈量子化学计算中DFT泛函的选择

不过这里我也没 ...

好的谢谢

作者
Author: TanJing 时间: 2026-1-27 22:48

UW_0728. 发表于 2026-1-27 22:40
光从计算级别看没什么特别不合理的地方，优化成啥就是啥（好奇你口中“结构严重不合理”具体是指什么地方） ...

你好是这样的因为初始结构可以看出是对称的那么就是存在两类Cu原子然后优化之后感觉是不对称了后期要进行反应的话那么就是四类Cu 这里是不清楚是显示方式的问题还是说就是存在四类Cu了呢

作者
Author: UW_0728. 时间: 2026-1-27 22:56

TanJing 发表于 2026-1-27 22:48
你好是这样的因为初始结构可以看出是对称的那么就是存在两类Cu原子然后优化之后感觉是不对称了后期 ...

改用PBE0-D3(BJ)重新优化一下看看吧。另外把没用的冗余关键词自觉去掉

作者
Author: TanJing 时间: 2026-1-27 23:00

UW_0728. 发表于 2026-1-27 22:56
改用PBE0-D3(BJ)重新优化一下看看吧。另外把没用的冗余关键词自觉去掉

好的谢谢老师

作者
Author: KazusaT 时间: 2026-1-28 00:12

TanJing 发表于 2026-1-27 22:48
你好是这样的因为初始结构可以看出是对称的那么就是存在两类Cu原子然后优化之后感觉是不对称了后期 ...

这里没有理由说低对称的结构就是不合理的，结构上没有明显不符合化学直觉的地方
如果你有实验证据（光谱、晶体）确信是两类Cu那可以考虑限制性优化，没有其他证据的话优化出来是什么样子就是什么样子
当然你也可以考虑做个简单的构象搜索

作者
Author: TanJing 时间: 2026-1-28 14:46

KazusaT 发表于 2026-1-28 00:12
这里没有理由说低对称的结构就是不合理的，结构上没有明显不符合化学直觉的地方
如果你有实验证据（光谱 ...

好的谢谢大佬这里实验结果显示的是该复合物是一个中心对称的二聚体单元之前那个结果我画的初始结构没有画好对称性所以输出文件即为C1 第二次在 GView 里手动把初始结构调成了 C₂对称，加了 symm=loose 关键词，优化后输出显示为 C₂点群这里是否还需要加上opt=symmetry再做一次限制型优化呢

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-28 15:23
注意把下文看了
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569
很多分子晶体中存在的构象都需要晶体环境稳定化，简单抠出来优化和实验初始结构没可比性

作者
Author: TanJing 时间: 2026-1-29 15:15

sobereva 发表于 2026-1-28 15:23
注意把下文看了
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva. ...

好的谢谢sob老师

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