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标题: ADT在加氢过程中出现断键提示，应该怎么处理 [打印本页]

作者
Author: wqm 时间: 2026-1-28 09:29
标题: ADT在加氢过程中出现断键提示，应该怎么处理
各位老师好，我用UCSF chimera 1.19对蛋白进行残基补全处理后，放ADT里对其进行加氢处理，出现以下提示 (, 下载次数 Times of downloads: 0) ，好像是这些原子没有键，如果直接点yes会出现如图的报错， (, 下载次数 Times of downloads: 0) 针对这些问题我有几个疑问：
1.这几个原子所在的区域都是用chimera补全的区域，出现这种情况是因为补全残基方法不对导致的吗？
2.我是想补全后做个分子对接去charmm-gui添加细胞膜再跑分子动力学模拟，这些缺失的残基部分都不在我要研究的活性位点周围，我可以不补全去添加细胞膜吗，不补全添加细胞膜会不会有影响？
恳请各位指点一二，感谢！！

作者
Author: student0618 时间: 2026-1-28 10:03
用例如PDB2PQR加氢较好，或者直接全都用CHARMM-GUI补原子及加氢

不补的话跑不了MD

作者
Author: wqm 时间: 2026-1-28 11:00

student0618 发表于 2026-1-28 10:03
用例如PDB2PQR加氢较好，或者直接全都用CHARMM-GUI补原子及加氢

不补的话跑不了MD

我看了一下补全文件的文本信息，发现提示的这6个原子所在的残基在文本信息中少了一些原子（可能是C，可能是O），所以请问是不是补全过程中出现的问题，我现在得重新想办法补全

作者
Author: student0618 时间: 2026-1-28 11:56

wqm 发表于 2026-1-28 11:00
我看了一下补全文件的文本信息，发现提示的这6个原子所在的残基在文本信息中少了一些原子（可能是C，可能 ...

sidechain的话pdb2pqr 加氢时会帮忙补，整个residue 缺失可以用pdbfixer

作者
Author: wqm 时间: 2026-1-28 14:34

student0618 发表于 2026-1-28 11:56
sidechain的话pdb2pqr 加氢时会帮忙补，整个residue 缺失可以用pdbfixer

非常感谢！

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