计算化学公社

标题: 30W预算工作站购买咨询 [打印本页]

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Author: 小老山 时间: 2026-1-29 12:15
标题: 30W预算工作站购买咨询
请各位老师帮忙，组里申请了30W用来做DFT，AIMD和ML。由于之前都是在超算上直接跑，没有什么攒机的经验，希望给一些配置建议。

主要（超70%）用VASP和Gaussian来做超胞（晶体和分子）的DFT，原子数通常>300。AIMD用的不多（20%），基于LAMMPS，来算一些大分子的运移和分散情况。老板还希望之后DFT和AIMD可以加上ML（比如RedKit），来筛选设计一些新的材料。这就是主要的述求。

不知道较新的AMD EPYC™ 9965是否够用？组单路还是双路？ GPU用两张5090够吗？方便的话，还请各位老师给一些具体建议。谢谢

作者
Author: zdb 时间: 2026-1-29 14:28
双路肯定是必须得，显卡2 卡 5090 仅能满足基础 GPU 加速，无法支撑 RedKit ML 多模型并行训练 + AIMD 同时运行；4 卡 5090 可实现，而且5090不支持nvlink，多卡并行效率不是很好
那么问题就来了，显卡现在单张2.7W左右，处理器4.6w左右一颗，预算已经用了一大半了，内存高性能计算24根满通道是必须的，9965可以支持的内存带宽最佳是6400MHZ，但是现在内存的价格以海力士32G 6400为例单根8500左右，预算就不够了
而且你要的是工作站，那么很大可能要在办公环境下用，还得用液冷

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Author: Stardust0831 时间: 2026-1-29 17:30
最近不太建议配新服务器，内存已经比去年年初贵了6倍多了，最好是等内存回正常值。
坛友@Entropy.S.I 对v100做了很多改进和调优的工作，通过包括不限于重新涉及板子，设计新的IB互联方案等方法让V100显卡的计算效率接近市面上的H100《改进V100速度直逼H100！论软硬件全栈调优对科学计算的意义》http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 1&fromuid=58653 (出处: 计算化学公社)
他的集群现在是可以申请免费测试卡时的，我当时测下来vasp的gpu加速效果很好，1000原子的体系也可以用vasp算动（刚刚那个帖子里也提及了vasp的测试数据）；高斯是代码层面的GPU加速效果就有限，不过单节点也能算动300多原子的TDDFT的gaussian的结构优化，集群上也预装了诸如VeloxChem和byteqc这种gpu加速效果很好的量子化学软件，我还在等测试数据出来；至于GMX和lammps这种分子动力学软件的GPU加速已经非常成熟了，在GPU集群上效果很好。

作者
Author: 小老山 时间: 2026-1-30 08:58
本帖最后由小老山于 2026-1-30 08:59 编辑

zdb 发表于 2026-1-29 14:28
双路肯定是必须得，显卡2 卡 5090 仅能满足基础 GPU 加速，无法支撑 RedKit ML 多模型并行训练 + AIMD 同时 ...

谢谢你的回复。如果换成2* AMD EPYC9655 会不会好一些呢？RDKit ML和AIMD不会一块运行，AIMD算个单独的支线任务，使用概率只有20%。

方便帮忙攒一份配置吗？谢谢

作者
Author: 科学计算 时间: 2026-1-30 09:36
DFT和ML是两个方向，侧重的点不同，因为您VASP是主要工作，首先保证CPU和满通道的内存，300个原子，24根16G差不多了。再考虑AIMD和ML，根据情况补充GPU，因为根据您的描述ML是后期的，可以先配置1个或者2个GPU平衡AIMD需求，留好位置，根据情况再加。

作者
Author: zdb 时间: 2026-1-30 15:38

小老山发表于 2026-1-30 08:58
谢谢你的回复。如果换成2* AMD EPYC9655 会不会好一些呢？RDKit ML和AIMD不会一块运行，AIMD算个单独的支 ...

9965*2 32G 5600 *16  致态TiPro9000 2T NVME协议PCIE 5.0 M.2*1 3.84T U.2*1  8t机械*1 5090*1 2000W电源*2  双塔机箱*1  pcie拓展卡*4  这个搭配目前可以在预算内如果内存上到24根会超预算  内存6400的价格太高了，目前大多数采用的是5600，机箱是预计你放在办公环境，采用双塔的，噪音会小很多，并且可以板卡分离，方便后续扩容：
致态TiPro9000 2T NVME协议PCIE 5.0 M.2*1  系统盘
3.84T U.2*1  数据缓存盘  也可以换成M.2
8t机械*1 数据存储

作者
Author: frontleg 时间: 2026-2-1 18:52
建议搞个小集群，多个老一点配置的节点小集群算力肯定高过同等价位的顶配服务器

作者
Author: Stardust0831 时间: 2026-2-2 17:18

zdb 发表于 2026-1-30 15:38
9965*2 32G 5600 *16 致态TiPro9000 2T NVME协议PCIE 5.0 M.2*1 3.84T U.2*1 8t机械*1 5090*1 20 ...

对于vasp来说，计算瓶颈就是在内存带宽，内存通道数和频率是得拉满的，单根内存的大小倒是可以根据实际可能计算的体系用小一些的。
内存价格最近确实涨疯了，我很多原定的购买计划都打算等内存价格下来以后再说了。

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