计算化学公社

标题: xyz文件转化为pdb文件的程序 [打印本页]

作者
Author: lujun 时间: 2017-5-10 00:39
标题: xyz文件转化为pdb文件的程序
各位大神，
有没有谁知道有什么比较好的程序可以把xyz文件转化为pdb文件格式。
谢谢大家

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-10 00:41
VMD就可以

作者
Author: agent99 时间: 2017-5-10 00:47
openbabel

作者
Author: stecue 时间: 2017-5-10 05:24
同openbabel。各大发行版仓库应该都内置。只需要：
obabel -ixyz XXX.xyz -opdb -O XXX.pdb
即可。

作者
Author: ruanyang 时间: 2017-5-10 08:14
可以试试我写的程序，比较适合xyz轨迹文件的转换
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# Program: xyzpdb v.1.0                                                                                                                               #
# Purpose: convet xyz format file to pdb format                                                                                              #
# Author: Ruan Yang                                                                                                                                  #
# Date:    2017.4.23 Version 1.0                                                                                                                   #
# Method: ifort -o xyzpdb.exe xyzpdb.f90                            #
#          ./xyzpdb.exe < input.inp                                  #
# Some important information stored in input.inp file                   #
# Totatom: total atoms in your system                                  #
# Totframe:total frames in your trajectory file (.xyz)                #
# Totframe=(simulation time)/(output interval)                         #
# Filename: the name of your trajectory file (.xyz)                   #
# Unitcell: the box size and angle informations                         #
# PDB format reference:http://blog.sciencenet.cn/blog-548663-895916.html #
# Unit: length(Angstrom) time unit(fs) Angle unit(degree)             #
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作者
Author: lujun 时间: 2017-5-10 10:07

ruanyang 发表于 2017-5-10 08:14
可以试试我写的程序，比较适合xyz轨迹文件的转换
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这个是在Linux下运行么，我试了一下好像不能运行

作者
Author: lujun 时间: 2017-5-10 10:27

stecue 发表于 2017-5-10 05:24
同openbabel。各大发行版仓库应该都内置。只需要：
obabel -ixyz XXX.xyz -opdb -O XXX.pdb
即可。

我的xyz文件很麻烦，我的有几个水被分开了，在xyz文件中它们不在一块，相隔的很远。openbabel可以处理么

作者
Author: stecue 时间: 2017-5-10 11:59

lujun 发表于 2017-5-10 10:27
我的xyz文件很麻烦，我的有几个水被分开了，在xyz文件中它们不在一块，相隔的很远。openbabel可以处理么

这没什么关系吧。除非你担心openbabel在pdb文件中写入的连接信息有误？xyz本来就只有位置信息，转换出来的pdb内的所有的连接信息本来也是推断出来的，都是仅供参考哈。

作者
Author: xiaoj 时间: 2022-10-17 11:58

ruanyang 发表于 2017-5-10 08:14
可以试试我写的程序，比较适合xyz轨迹文件的转换
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请问我用这种方法将LAMMPS模拟计算得到的xyz文件转换为pdb文件然后再将pdb文件导入Materials Studio软件之后软件无法识别出原子分子信息也无法建立晶体结构所以对于输入的xyz文件格式有什么要求吗

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