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标题: 蛋白残基补全后的很多很长的loop会影响跑MD吗 [打印本页]

作者
Author: wqm 时间: 2026-1-29 15:11
标题: 蛋白残基补全后的很多很长的loop会影响跑MD吗
各位老师，我在做 NaV 通道的膜环境 MD。原始结构有大量缺失残基（例如：B链 1–19、193–218；C链 1–26、149–215；D链 1–115、210–211、284–312、439–740、988–1188、1779–1951）。
我尝试用工具补全缺失段后，得到的模型出现很多很长的 loop/无序尾巴（见图），担心它们在上膜/平衡阶段塌到跨膜核心或插入膜里，进而影响孔区/构象或导致膜变形。
想请教：这种“补出来的长 loop”在膜蛋白 MD 中通常会造成哪些典型伪影？更稳妥的处理策略是：直接截断不补、还是保留但加约束/多seed、多构象？有没有推荐的平衡流程（约束释放顺序）？
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作者
Author: student0618 时间: 2026-1-29 18:13
Most of the time, we can just ignore terminal missing residues, only add back non-terminal residues. Depends on system though.

作者
Author: mizu-bai 时间: 2026-1-29 19:43
本帖最后由 mizu-bai 于 2026-1-29 19:44 编辑

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我还说怎么和 NaV 这么像，原来就是。也算是比较热的一个东西吧，2025 年初 FDA 批了一个作用于这个 target 的 non-opioid 镇痛药物。

至于你提的这个的问题，就看你需不需要研究膜内外的 loop 了。

作者
Author: wqm 时间: 2026-1-30 09:09

student0618 发表于 2026-1-29 18:13
Most of the time, we can just ignore terminal missing residues, only add back non-terminal residues. ...

好的，谢谢

作者
Author: wqm 时间: 2026-1-30 09:09

mizu-bai 发表于 2026-1-29 19:43
我还说怎么和 NaV 这么像，原来就是。也算是比较热的一个东西吧，2025 年初 FDA 批了一个作用于这个 ta ...

对的，就是Nav，谢谢您的答复

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