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标题: 求助：gromacs中对氢键数量进行分析的结果异常 [打印本页]

作者
Author: star1 时间: 2026-1-30 00:59
标题: 求助：gromacs中对氢键数量进行分析的结果异常
请问各位老师，我在使用gmx hbond命令后

gmx hbond -s md.tpr -f md.xtc -num hbnum.xvg -tu ns -n index.ndx

出现如下情况：
Checking for overlap in atoms between Protein and MOL
Calculating hydrogen bonds between Protein (4046 atoms) and MOL (137 atoms)
Found 391 donors and 750 acceptors
Reading frame 0 time 0.000
Will do grid-search on 18x18x18 grid, rcut=0.34999999
Frame loop parallelized with OpenMP using 32 threads.
Last frame 10000 time 100.000
Average number of hbonds per timeframe -484186.132 out of 146625 pos
发现分析的氢键数目有问题，请问有老师知道问题可能出在哪里吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-2 07:05
先结合-b和-e指定某一个时间点，只单独考察个别的帧中的氢键，看看结果是否正常
实在不行就自己写VMD tcl脚本统计氢键，也很容易和方便

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