计算化学公社

标题: 想请教几个关于氢键计算的问题 [打印本页]

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Author: 杜黎小松 时间: 2017-5-10 10:24
标题: 想请教几个关于氢键计算的问题
最近看到我们学校的一些毕业论文上关于共晶计算的问题，是从分子设计角度设计共晶体结构，其中，第一步是在GAUSSIAN中将两种分子的建模到一起，然后在MP2(FULL)/6-311G++(D,P)优化和频率计算，然后将优化好的结构导入ms预测晶型，然而，其中有几个问题就是：（1）论文中说分子间作用能计算的公式也适用于氢键键能计算，公式中EA，EB指去除B后的结构能量，EB指去除A后的结构能量，EAB是结构总能量，Eint=EAB-EA-EB，那么氢键键能用这公式肯定有变化，我想应该是EA,EB上有什么变化，但是却不知道到底是什么，Ebsse为结构校正能量是查表得出的还是同样经过计算得出的？（2）在优化后的构型导入MS后，模拟motel-carlo退火法是否是必需的，预测晶体形貌后有7种空间群，论文中是说选晶格能最低，密度最高的是最有可能的晶型，这个b判定标准是否可靠，在论文发表上认可度高吗？。（3）很多钝感炸药的构型就是会形成分子间氢键和分子类氢键，可以大大降低感度，共晶降感的原理是高能量敏感炸药和钝感能量适中炸药形成分子间氢键而总体降感，本人也是最近在模拟自己设计的分子预测晶型后，形成晶体的氢键的键能强度和键长，来评判一下其作为钝感HDEM材料的可行性。
本人想请教下论坛上的各位老师和同学关于以上问题，不胜感激。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-10 13:34
传图前应当把图旋转合适，否则还得扭着脖子看
能直接截图的直接截图，不要拍照，否则文件又大（浪费论坛空间。除非事先修改尺寸并调节压缩率）又不清楚。

E(AB)-E(A)-E(B)等于A和B之间相互作用能，这是极为显而易见的。如果考虑BSSE问题，就用counterpoise关键词，看
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

很多错字、误拼、错误书写："分子类氢键"、motel-carlo、6-311G++(D,P)、“EA，EB指去除B后的结构能量”

作者
Author: 杜黎小松 时间: 2017-5-10 17:32

sobereva 发表于 2017-5-10 13:34
传图前应当把图旋转合适，否则还得扭着脖子看
能直接截图的直接截图，不要拍照，否则文件又大（浪费论坛空 ...

谢谢老师指正，我会遵守规则，下次会很注意的。老师，就是氢键键能是怎么计算的啊，论文上说那个公式同样适用与氢键计算，那么到底该怎么理解啊

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-10 19:25

杜黎小松发表于 2017-5-10 17:32
谢谢老师指正，我会遵守规则，下次会很注意的。老师，就是氢键键能是怎么计算的啊，论文上说那个公式同样 ...

不管是氢键、卤键、二氢键、硫键、磷键、pi-pi堆积还是什么，你都用那个公式算。整体能量减片段能量和，很显然就是片段之间的相互作用能，如果片段之间的相互作用在当前情况中就是氢键，显然得到的就是氢键的键能。

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Author: 杜黎小松 时间: 2017-5-11 21:09

sobereva 发表于 2017-5-10 19:25
不管是氢键、卤键、二氢键、硫键、磷键、pi-pi堆积还是什么，你都用那个公式算。整体能量减片段能量和 ...

多谢老师赐教，比较明白了

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Author: 不懂计算 时间: 2017-7-10 08:46

sobereva 发表于 2017-5-10 19:25
不管是氢键、卤键、二氢键、硫键、磷键、pi-pi堆积还是什么，你都用那个公式算。整体能量减片段能量和 ...

老师，能量计算用的是单点能、零点振动能还是自由能，亦或是其他的能量呢？

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Author: sobereva 时间: 2017-7-10 10:52

不懂计算发表于 2017-7-10 08:46
老师，能量计算用的是单点能、零点振动能还是自由能，亦或是其他的能量呢？

理论上研究相互作用强度，用单点能
要跟实验对比再用恰当的热力学数据

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