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标题: 用高斯做仿真，产物复合物结构怎么找，以及单点能计算 [打印本页]

作者
Author: 阿豪0605 时间: 2026-1-31 14:02
标题: 用高斯做仿真，产物复合物结构怎么找，以及单点能计算
各位老师好，我现在对一篇文献做能垒验证，其中有个反应出现了产物复合物，过渡态和产物的能垒值已经找到，就差产物复合物
第一次接触产物复合物，不知道如何找到该结构，并对其优化和频率分析和单点能计算
有系统的流程吗？或者是关键词有什么变化，怎么判断得到的结构就是产物复合物，以及下图PCb3值如何计算
下图第三个反应
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作者
Author: Stardust0831 时间: 2026-1-31 17:05
对你的过渡态结构跑IRC（和TS时候的计算级别需要完全一样），对得到的产物那一端的结构做结构优化，用那个复合物结构当产物复合物

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-2 06:40
那叫模拟，不叫仿真，仔细看下文
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

楼上的做法正确。还有一种耗时更低但稳妥度稍差的做法是：用gview直接对过渡态结构往产物方向微调结构，然后优化（为稳妥起见建议步长上限改小，比如opt里加上maxstep=15,notrust）

作者
Author: 阿豪0605 时间: 2026-2-2 11:58

sobereva 发表于 2026-2-2 06:40
那叫模拟，不叫仿真，仔细看下文
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http:// ...

谢谢老师指点，确实是外行刚接触，闹了好多笑话
我输出的结果文件有正常终止的关键词，有一个虚频，负9点多，其他数值和文献附件给的差不多
不知道是收敛问题，或是其他问题
下面是我的输入文件

%nproc=32
%chk=PCB3_M062X.chk
# M062X/6-311++G(D,P) opt(maxstep=15,notrust) freq

Title Card Required

0 2
6       2.080377000    -0.000021000    -1.023248000
6       1.320036000    -1.257676000    -0.600225000
6       1.117189000    -1.294603000    0.920974000
6       0.594106000    0.000028000    1.464744000
6       1.117209000    1.294634000    0.920935000
6       1.320052000    1.257657000    -0.600264000
1       0.463467000    -2.123663000    1.206525000
1       0.345122000    -1.277091000    -1.100967000
1       1.851145000    -2.157254000    -0.919071000
1       3.073493000    -0.000020000    -0.556671000
1       2.236466000    -0.000039000    -2.104592000
1    -1.152056000    0.000022000    0.575208000
1       0.183326000    0.000046000    2.470962000
1       0.463503000    2.123713000    1.206463000
1       2.091505000    1.500374000    1.396059000
1       0.345137000    1.277067000    -1.101003000
1       1.851171000    2.157219000    -0.919138000
1       2.091479000    -1.500346000    1.396106000
8    -2.398221000    1.083306000    -0.419529000
7    -1.986833000    0.000002000    -0.081162000
8    -2.398176000    -1.083323000    -0.419518000

作者
Author: UW_0728. 时间: 2026-2-2 17:23

阿豪0605 发表于 2026-2-2 11:58
谢谢老师指点，确实是外行刚接触，闹了好多笑话
我输出的结果文件有正常终止的关键词，有一个虚频，负9 ...

其一，乱加弥散干嘛，还给H也加上了，不需要加弥散函数的时候乱加本身就会导致不少问题；其二，M06-2X本身也就可能存在小虚频的问题。

如果单纯是复刻文献方面的考虑（此时当然不宜随意改原文献的级别），拿你最后一步的结构在opt里加上calcfc（或者calcall或recalc=N）继续优化优化就行。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-3 00:04

阿豪0605 发表于 2026-2-2 11:58
谢谢老师指点，确实是外行刚接触，闹了好多笑话
我输出的结果文件有正常终止的关键词，有一个虚频，负9 ...

认真看此文
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

强烈不推荐M06-2X做opt freq

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