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标题: 求助：使用Multiwfn统计轨迹中环的旋转情况功能的用法 [打印本页]

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Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 2026-2-2 12:28
标题: 求助：使用Multiwfn统计轨迹中环的旋转情况功能的用法
本帖最后由不想飞的猫头鹰于 2026-2-3 14:34 编辑

最近在尝试构建一系列互锁结构的环形分子的运动轨迹，比如索烃、环肽的嵌套，所以想要统计下环形分子的转动速度等指标。之前看到过sob老师的博文http://sobereva.com/590《计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角》，并且注意到sob老师对碳环和8字形分子有过动力学研究http://sobereva.com/674《8字形双环分子对18碳环的独特吸附行为的量子化学、波函数分析与分子动力学研究》以及http://sobereva.com/684《理论设计新颖的基于18碳环构成的双马达超分子体系》，感觉Multiwfn的1000-201功能很强大，而且在使用的时候发现201下面也有个202 Ring rotation statistical analysis for a trajectory功能，这个貌似能实现http://sobereva.com/684博文中对环转动角速度的统计，对于后续嵌套在碳纳米管上进行转动统计会很有用。但是我载入α碳的轨迹直接就闪退了，不知道这个功能如何使用，需要提供哪些信息？
上传的文件体积有限制，我就用xtb跑了个小型环肽嵌套的xyz格式的轨迹，并只提取碳原子的轨迹，同时为了方便套用到碳环体系，我也跑了个18碳环二聚体的轨迹上传了，感谢sob老师的指点

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Author: sobereva 时间: 2026-2-3 03:56
我更新了Multiwfn 2026.2.2版，此功能可以正常用了，之前处于临时状态
这个功能并非作为面向普通用户的功能，因此没有说明文档，但仔细看http://sobereva.com/674里介绍的那篇文章，应该能自然而然知道用法，也可以看Multiwfn源代码包里otherfunc.f90里的subroutine ring_rotate子程序的代码搞清楚细节

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Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 2026-2-3 14:31
本帖最后由不想飞的猫头鹰于 2026-2-3 14:35 编辑

sobereva 发表于 2026-2-3 03:56
我更新了Multiwfn 2026.2.2版，此功能可以正常用了，之前处于临时状态
这个功能并非作为面向普通用户的功 ...

太感谢sob老师了，辛苦您了。我操作了下发现这个功能需要有比较明显的外环包夹内环的特征，就像您博文中OPP嵌套C18的体系，尝试发现两个不嵌套的C18分子和环肽互锁链是不适用的，于是我像博文中一样构建了CPP包夹CPP的嵌套结构，用xtb跑了个小轨迹，成功输出了ring.xyz和rotate.txt

希望以后能派上用场

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-3 16:18

不想飞的猫头鹰发表于 2026-2-3 14:31
太感谢sob老师了，辛苦您了。我操作了下发现这个功能需要有比较明显的外环包夹内环的特征，就像您博文中O ...

不是非得有外包。Multiwfn让你输入loop原子，那些原子仅用来判断loop中心位置，以确认某些帧的环的中心是否偏离loop中心太远，这样的帧不被纳入统计。

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Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 2026-2-3 20:37
本帖最后由不想飞的猫头鹰于 2026-2-3 20:38 编辑

sobereva 发表于 2026-2-3 16:18
不是非得有外包。Multiwfn让你输入loop原子，那些原子仅用来判断loop中心位置，以确认某些帧的环的中心是 ...

原来如此

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