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标题: 用vina进行分子对接，结果中的配体结构变了，这是为什么呢 [打印本页]

作者
Author: wqm 时间: 2026-2-3 19:58
标题: 用vina进行分子对接，结果中的配体结构变了，这是为什么呢
各位老师好，我在用vina进行分子对接后，用pymol打开输出文件，发现结构对比我的分子发生了一些变化，这应该怎么处理呢 (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) ，图片看可能不太直观，下面是文件 (, 下载次数 Times of downloads: 1)
(, 下载次数 Times of downloads: 2) ，恳请各位老师赐教，十分感谢

作者
Author: student0618 时间: 2026-2-3 22:14
如果是N变C这种，先检查转换格式前后是否有原子类型/原子名指认错了。
(抱歉手机看不到附件)

作者
Author: wqm 时间: 2026-2-4 09:04

student0618 发表于 2026-2-3 22:14
如果是N变C这种，先检查转换格式前后是否有原子类型/原子名指认错了。
(抱歉手机看不到附件)

谢谢答复，但不是原子出错，是键的连接出错，有时还会将苯环变成六元环，

作者
Author: student0618 时间: 2026-2-4 09:24

wqm 发表于 2026-2-4 09:04
谢谢答复，但不是原子出错，是键的连接出错，有时还会将苯环变成六元环，

通常是可视化自动按距离判断成键的事，检查文件中实际成键正确就可以了。

作者
Author: wqm 时间: 2026-2-4 09:51

student0618 发表于 2026-2-4 09:24
通常是可视化自动按距离判断成键的事，检查文件中实际成键正确就可以了。

好的特别感谢

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