计算化学公社

标题: ESP伴侣——调用Multiwfn绘制分子表面静电势分布的小脚本ESP-mate [打印本页]

作者
Author: 一声叹息010 时间: 2017-5-10 22:22
标题: ESP伴侣——调用Multiwfn绘制分子表面静电势分布的小脚本ESP-mate
本帖最后由一声叹息010 于 2017-5-10 23:04 编辑

阅读本文前建议先看看《使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布》（http://sobereva.com/196）
编写这个小脚本的主要目的是尽量简化软件操作，快速得到想要的图和表。

优点：
1、批量处理，无需人工守护
2、所有信息，都保存到了同名的txt文件里。
3、根据体系分子表面静电势范围，统计范围已自动稍微扩大并取整数（5的倍数）
4、生成了同名的gjf文件，方便查看极值点
5、vmd文件中，除了Color Scale Bar，都设置好了。原子采用了gview的配色方案，最多可以同时显示30种元素的颜色
缺点：
1、只用Multiwfn计算分子表面每个点的静电势，速度上不如联用cubegen。以后可能会加上
ESP-mate使用方法：
1、确保Multiwfn程序可以正常使用，准备好相应文件，如ESP1.fchk ESP2.wfn ESP3.molden ...
2、
chmod a+x ESP-mate
./ESP-mate "ESP1.fchk ESP2.wfn"
双引号内，建议采用正则表达式，省事又不会输错文件名，如 ./ESP-mate " *.fchk ESP?.wfn *.molden"
3、生成的文件一定要放到到D:\ESP-mate
4、启动VMD，选File-Load Visualization State-D:\ESP-mate\*-ESP-load.vmd，图就显示来了。
添加上Color Scale Bar即可。方法和sobereva博文稍有不同，以本文为准
(, 下载次数 Times of downloads: 128)
此时Color Scale Bar是打开的，Color bar width设为0.08，Display title选on并且将Color bar title里写上ESP (kcal/mol)，开启Autoscale,并选择vtx.pdb文件，Number of axis labels随便输入(可以是分数), Color labels选Black，Label format选Decimal。然后点Draw Color Scale Bar按钮，色彩刻度就出现在画面中了，并且VMD Main窗口中多出了一个名为Color Scale Bar的一项。然后调整它的大小和位置，即双击VMD Main窗口中Color Scale Bar那一项当中的F标签使之变为红色（即不让色彩刻度轴在画面中的位置冻结），而双击其它项目的F标签使它们的F变为黑色（让它们的位置冻结住）。然后激活VMD图形窗口，按t键进入平移模式，然后拖动鼠标将色彩刻度轴放置到合适位置，并且用鼠标滚轮调整它的大小。调合适之后再按r键恢复旋转视角模式，并且在VMD Main里将Color Scale Bar那一项的F重新双击成黑色，而其它三项的F重新双击为红色。
5、将分子调整到一个合适的角度，然后在VMD main窗口里把所有条目的F标签都双击成黑色来将它们固定住，以免随后的操作过程中不慎旋转了体系。
在VMD main窗口里面双击ESP-surfanalysis.pdb、ESP-vtx.pdb和Color Scale Bar对应的条目的D标签使其变红，此时窗口内就只有分子结构显示了出来。然后在File Render Controls面板里（此时也是打开的），点击Browse，选择C盘以外的路径，输入名称.bmp，保存（假设名称为ESP0.bmp），点击Start Rendering
再在VMD main窗口里面双击ESP-surfanalysis.pdb，使其条目的D标签使其变黑，让极值点显示出来，将背景不用改为蓝色，白色就可以。在File Render Controls面板里（此时也是打开的），点击Browse，选择C盘以外的路径，输入名称.bmp，保存（假设名称为ESP01.bmp），点击Start Rendering
再在VMD main窗口里面双击ESP.pdb，使其条目的D标签使其变红，隐藏分子结构
再在VMD main窗口里面双击ESP-vtx.pdb和Color Scale Bar，使其条目的D标签使其变黑，让表面和刻度显示，将背景不用改为蓝色，白色就可以。在File Render Controls面板里（此时也是打开的），点击Browse，选择C盘以外的路径，输入名称.bmp，保存（假设名称为ESP123.bmp），点击Start Rendering
6、ps
文件-打开-ESP123.bmp
文件-置入-ESP01.bmp，回车；图层-栅格化-图层；选择魔棒工具，Tolerance设0，Contiguous的对勾取消，然后点击图中白色区域，按delete键，之后将图层的不透明度(Opacity)改为40%
文件-置入-ESP0.bmp，回车；图层-栅格化-图层；选择魔棒工具，Tolerance设0，Contiguous的对勾取消，然后点击图中白色区域，按delete键，之后将图层的不透明度(Opacity)改为10%
选择-取消选择
这样，正面的极值点就会有明显的半嵌入到表面的效果，分子骨架又可以完全的遮挡住后面的极值点。景深效果很明显
7、最后，在图上用文本工具标上一部分极值点的静电势数值，极值点位置和数值可以参照ESP.gjf
(, 下载次数 Times of downloads: 127)

(, 下载次数 Times of downloads: 113)

作者
Author: ggdh 时间: 2017-5-11 12:46
我去，遇到偷懒界的同道中人了。大赞。

作者
Author: stecue 时间: 2017-5-13 12:49
那个……双引号内是glob通配符吧？regex比较复杂了，不完全兼容的。

作者
Author: li447fan 时间: 2020-9-11 17:50
你的静电势图好好看！请问是以表面顶点着色吗，材质和参数等如何调的，用PS修图了吗，好想学

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-28 14:00

li447fan 发表于 2020-9-11 17:50
你的静电势图好好看！请问是以表面顶点着色吗，材质和参数等如何调的，用PS修图了吗，好想学

使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

作者
Author: 牧星河 时间: 2021-7-4 23:15
这个小脚本是加密的吗？报错:
mv: invalid option -- 'E' at 2021-07-04 23:12
Try 'mv --help' for more information.
grep: invalid option -- 'S'
Usage: grep [OPTION]... PATTERNS [FILE]...
Try 'grep --help' for more information.

然后我想改改用，打开就是乱码

作者
Author: wangqy1 时间: 2023-10-24 11:16
你好，这个能显示表面极值点数值的gjf文件怎么得到的

作者
Author: LUOL 时间: 2024-8-2 11:12

wangqy1 发表于 2023-10-24 11:16
你好，这个能显示表面极值点数值的gjf文件怎么得到的

同问+1

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)