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标题: 固定原子失效怎么解决 [打印本页]

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Author: qli0218 时间: 2026-2-5 09:29
标题: 固定原子失效怎么解决
本帖最后由 qli0218 于 2026-2-5 09:33 编辑

我要研究金属离子在分子筛中的全局稳定落位，在计算MH的时候固定分子筛的结构，但是MH计算的时候第一步MD计算的时候没有问题，而且我查看了结构变化，没有能让体系崩的可能，但是后面计算OPT的时候却发现体系原来固定的原子突然变了位置，请问大家是否有过这种情况？我研究了两天了，没有弄明白，所有Gemini建议的方法都尝试过了，原子还是会动。请教解决办法，谢谢！
版本：CP2K version 2025.1

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作者
Author: KazusaT 时间: 2026-2-5 10:38
为什么inp文件里有中文注释，而且为什么要多此一举include一下fix.txt，直接写进输入文件不好吗

作者
Author: qli0218 时间: 2026-2-5 10:40

KazusaT 发表于 2026-2-5 10:38
为什么inp文件里有中文注释，而且为什么要多此一举include一下fix.txt，直接写进输入文件不好吗

中文注释也没有什么问题。include的两个文件是MS脚本自动生成的，在MS里面建好模型，固定好原子，就用脚本自动生成了这两个txt文件了，懒得再往里面粘贴了，直接一个include就搞定，方便一些。

作者
Author: 乐平 时间: 2026-2-5 12:13
首先，任何时候都要以手册为依据，AI 不是包打天下的工具。
所谓AI 也好，人工智能也好，机器学习也好，这些都是基于已有的知识才能发挥作用的，如果它自己都没学过，你问它甚至比问外行更糟糕，所谓的“一本正经胡说八道”……

但凡你查一下 CP2K 在线手册
https://manual.cp2k.org/trunk/CP ... NT/FIXED_ATOMS.html
https://manual.cp2k.org/trunk/methods/optimization/geometry.html

你就会发现，要固定原子需要用到 CONSTRAINT 关键词，以及其下的 FIXED_ATOMS，COMPONENTS_TO_FIX，LIST 等关键词

第二个链接还给了例子：

&CONSTRAINT
&FIXED_ATOMS
COMPONENTS_TO_FIX XYZ
LIST 1 2 3 ... N
&END FIXED_ATOMS
&END CONSTRAINT

复制代码

然而，你的 NaXMH.inp 输入文件中，虽然用 @INCLUDE fix.txt ，但是你的 fix.txt 文件里有 CONSTRAINT_INIT T

再次查看手册
https://manual.cp2k.org/trunk/CP ... INT.CONSTRAINT_INIT
解释是
“Apply constraints to the initial position and velocities. Default is to apply constraints only after the first MD step. 对初始位置和速度施加约束。默认仅在首次分子动力学步之后施加约束。”

而你的计算是 GEO_OPT，这俩不相干。也许你可以把 CONSTRAINT_INIT T 删掉试试看

作者
Author: qli0218 时间: 2026-2-5 12:20

乐平发表于 2026-2-5 12:13
首先，任何时候都要以手册为依据，AI 不是包打天下的工具。
所谓AI 也好，人工智能也好，机器学习也好，这 ...

我一开始没有加这个，计算出来也是上下的O原子在OPT的时候位置突然变化了，我尝试了好多方法也不好用，我研究手册了，也没有解决这个问题，我也使用了RESTRAINT，也不行。实在是试不出来怎么回事了，才求助的论坛

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-5 18:46
认真看置顶的社员必读贴http://bbs.keinsci.com/thread-25-1-1.html，别随便在讨论计算化学问题的时候随便提及任何AI：
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下次再发现删帖处理

别随便瞎试，通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）好好学一遍再用比什么都强，节约你无数走弯路白浪费的时间。所有这些必会的知识在培训里都有充分体现，如：
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何况Multiwfn创建优化任务输入文件的功能里都明确提供了固定原子的选项，下文说了
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

作者
Author: qli0218 时间: 2026-2-6 08:45

sobereva 发表于 2026-2-5 18:46
认真看置顶的社员必读贴http://bbs.keinsci.com/thread-25-1-1.html，别随便在讨论计算化学问题的时候随便 ...

我也用Mulitwfn生成了，所有的方法都试了，还是算到OPT的时候O原子会跑，好像固定原子只对MD有用，切换到OPT就没用了？求教

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-7 03:15

qli0218 发表于 2026-2-6 08:45
我也用Mulitwfn生成了，所有的方法都试了，还是算到OPT的时候O原子会跑，好像固定原子只对MD有用，切换到 ...

对opt当然有用，我的幻灯片的例子都已经充分体现了。培训里还都给了现成的输入输出文件充分体现了冻结的有效性（如硅表面重构例子、氯化钠表面弛豫例子等，都冻结了全部基底原子）
注意正确拼写Multiwfn，认真看下文第4条
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

并且注意看下文第2节，令回复者反感、不够尊重的回帖已经删除。
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79（http://bbs.keinsci.com/thread-57-1-1.html）
认真遵守论坛的规矩

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)