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标题: 添加離子前的能量最小化錯誤 (已解決) [打印本页]

作者
Author: HarrisLin 时间: 2017-5-10 17:20
标题: 添加離子前的能量最小化錯誤 (已解決)
本帖最后由 HarrisLin 于 2017-5-11 11:19 编辑

感謝Sob老師和前輩們的指點!!

後來發現是教學的問題 = =
The inclusion of position restraints indicates the end of the "Protein" moleculetype section.

; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"#endif

; Include ligand topology#include "drg.itp"

; Include water topology#include "gromos43a1.ff/spc.it

正確方法應該是在topol.top頂部

;include forcefield parameters
#include xxx forcefied.itp

include ligand topology
#include ligand.itp

[moleculetype]
xxxxxxxx
======
各位前輩好
今天早上克服了用acpype準備蛋白-配體複合物的topol後
順著教學走到了添加離子前的能量最小化又碰上新的問題教學

我用的.mdp 是從這裡拿到的sob老師通用版
進行 gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr

然後就出現報錯

Setting the LD random seed to 379663363
Generated 2211 of the 2211 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5
Generated 2211 of the 2211 1-4 parameter combinations

-------------------------------------------------------
Program: gmx grompp, version2016.3
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/topio.cpp (line 762)

Fatal error:
Syntax error - File lead14l_GMX.itp, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes

For more information and tips for troubleshooting, please check theGROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

我先去官網看了Errors說明不過感覺只是通論

沒有詳細地說解決辦法

然後去檢查了File lead14l_GMX.itp, line 3 (這個是我配體itp)

(, 下载次数 Times of downloads: 48)

(, 下载次数 Times of downloads: 50)

在論壇上搜索了一下發現這篇有類似問題

不過我atoms裡面電荷和質量都有啊?

我也有把質量手動補回atomtypes仍無法解決這個問題

附件是我編譯中的GMX 蛋白配體MD操作

如果之後編修好應該也會發上來

以及出問題的配體itp檔案

另外想問一下多核運算
我的GMX是用這篇的方式安裝
爬文看到似乎是說GMX會自動多核運算
不過我看我碰上需要計算的部分
CPU也都只有單核100% ( i7 6700)

這算是正常現象還是其實需要手動調整呢?

謝謝

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-10 19:13
不是质量的事，你也不需要改质量，而是[ atomtypes ]出现位置不合适，这和你把这个.itp文件插入到.top里的具体位置有关。

你可以尝试用-nt指定并行的线程数。如果你不是用的MPI并行，多核并行时理应高于100%。

作者
Author: HarrisLin 时间: 2017-5-10 20:02
Sob老師你好
我是照教學做的
放在.top尾端
請問該如何修正呢
謝謝

作者
Author: diaok 时间: 2017-5-10 21:37

HarrisLin 发表于 2017-5-10 20:02
Sob老師你好
我是照教學做的
放在.top尾端

[ atomtypes ]是只能放在比较靠前的位置
出现分子之后就不能再加这种参数了
要include多个文件的话这些都要一起放在最前面
推荐全部复制到整体的top里，反正都是amber的多了也不影响
单个itp文件里面这些信息还想保留的话可以随便用个ifdef之类的注释掉

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