计算化学公社

标题: 求助各位大佬构建复合物RMSD的代码是什么啊，为啥我的老是有问题 [打印本页]

作者
Author: 书梓扬 时间: 2026-2-8 19:51
标题: 求助各位大佬构建复合物RMSD的代码是什么啊，为啥我的老是有问题
求助各位大佬构建复合物RMSD的代码是什么啊，为啥我的老是有问题，但是蛋白和配体没事

作者
Author: 书梓扬 时间: 2026-2-8 19:52
创建了一个蛋白和小分子的索引组，然后计算复合物的RMSD，结果复合物的RMSD图变形了，我的蛋白只有一个链

作者
Author: student0618 时间: 2026-2-8 20:01
1. 有回帖前要补充先用编辑帖子，见置顶帖
2. trjconv 先用pbc cluster处理轨迹

作者
Author: 书梓扬 时间: 2026-2-8 20:26

student0618 发表于 2026-2-8 20:01
1. 有回帖前要补充先用编辑帖子，见置顶帖
2. trjconv 先用pbc cluster处理轨迹

老师有具体代码吗，我是一个计算机小白

作者
Author: wbqdssl 时间: 2026-2-8 21:04
本帖最后由 wbqdssl 于 2026-2-8 21:07 编辑

书梓扬发表于 2026-2-8 20:26
老师有具体代码吗，我是一个计算机小白

去论坛里或google自己搜一下就行了，再不行就去GMX的用户手册里搜
（Tip:不要用等着别人喂饭的心态做计算，别人已经告诉你解决方向了，你需要自己解决问题，计算机小白不是挡箭牌，不自己去学去搜索永远都是小白）

作者
Author: 书梓扬 时间: 2026-2-8 21:16

wbqdssl 发表于 2026-2-8 21:04
去论坛里或google自己搜一下就行了，再不行就去GMX的用户手册里搜
（Tip:不要用等着别人喂饭的心态做计 ...

gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_cluster.xtc -pbc cluster -1（protein）-0(system)
gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_nopbc.xtc -pbc mol -center -1（protein）-0(system)
gmx trjconv -s md.tpr -f md_nopbc.xtc -o md_fit.xtc -fit rot+trans -4（backbond）-0(system)
gmx rms -s md.tpr -f md_fit.xtc -n index_complex.ndx -tu ns -o rmsd_complex_final.xvg
dit xvg_show -f rmsd_complex_final.xvg
我搞成了谢谢大家，这是所有我用到的代码，给后人参考

作者
Author: dodobird1 时间: 2026-2-8 22:22
推荐写个python pipeline方便管理

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)