计算化学公社

标题: 关于使用RGD做涉及二聚体的弱相互作用分析时用VMD调节等值面的问题 [打印本页]

作者
Author: maxuehao 时间: 7 day ago
标题: 关于使用RGD做涉及二聚体的弱相互作用分析时用VMD调节等值面的问题
各位老师好，我现在研究二聚体之间的相互作用，使用RGD对优化好的结构做弱相互作用分析，得到结果用VMD调节等值面，不管怎么调Isovalue值大小，等值面都不变化，这个是什么情况

作者
Author: sobereva 时间: 7 day ago
那叫RDG

说明在VMD里没选对representation

另外，当前的等值面极为粗糙，远远不如用IGMH或mIGM效果好，RDG属于已经过时的方法了。看下文
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）
使用amIGM方法图形化直观展现动态过程中的平均弱相互作用
http://sobereva.com/759（http://bbs.keinsci.com/thread-57317-1-1.html）
Angew. Chem.上发表了全面介绍各种共价和非共价相互作用可视化分析方法的综述
http://sobereva.com/746（http://bbs.keinsci.com/thread-54361-1-1.html）

作者
Author: maxuehao 时间: 7 day ago
怎么在VMD里选对representation这个呢。目前刚开始接触这些，想把这些全都学习一下

作者
Author: sobereva 时间: 6 day ago

maxuehao 发表于 2026-2-9 10:45
怎么在VMD里选对representation这个呢。目前刚开始接触这些，想把这些全都学习一下

就是当前的
isovalue输入完了按回车才生效

作者
Author: maxuehao 时间: 6 day ago
感谢老师的回答

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)