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标题: 请教Pd催化体系一加控压就崩溃什么原因？ [打印本页]

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Author: yaoyuan0711 时间: 5 day ago
标题: 请教Pd催化体系一加控压就崩溃什么原因？
本帖最后由 yaoyuan0711 于 2026-2-11 16:15 编辑

各位老师好，我在模拟Pd金属（4层）、CH2Cl2、CH2N2、烯烃体系的时候，用NPT就崩溃报错，NVT则能正常模拟

Pd用L-J势（J. Phys. Chem. C 2008, 112, 17281），其余用GROMOS54a7力场。xy和z方向分别控压也不行，NVT的mdp文件见附件，控压部分注释掉了

另外模拟前是六方晶胞，模拟后自动转化为四方晶系了，这个影响结果吗，怎么更改为四方晶胞

作者
Author: sobereva 时间: 4 day ago
烯烃用sobtop产生GAFF力场的拓扑文件。如果之后还有问题，照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查，并且注意下文说的一些细节问题
谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综
http://sobereva.com/761（http://bbs.keinsci.com/thread-57835-1-1.html）

trjconv结合-ur tric -pbc mol转换轨迹。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 3 day ago
从Pd晶体切出表面建模的时候就能做晶格矢量变换了。
http://bbs.keinsci.com/thread-54125-1-1.html

重氮甲烷CH2N2的成键方式不算简单，这是怎么能用GROMOS54a7力场描述的？如果是要模拟金属钯催化CH2N2对烯烃的cyclopropanation之类有机化学反应，GROMACS的经典分子力场模拟应该没法描述成键断键吧。

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