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标题: 请教Pd催化体系一加控压就崩溃什么原因？ [打印本页]

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2026-2-11 16:02
标题: 请教Pd催化体系一加控压就崩溃什么原因？
本帖最后由 yaoyuan0711 于 2026-2-25 16:41 编辑

各位老师好，我在模拟Pd金属（4层）、CH2Cl2、CH2N2、烯烃体系的时候，用NPT就崩溃报错，NVT则能正常模拟

Pd用L-J势（J. Phys. Chem. C 2008, 112, 17281），其余用GROMOS54a7力场（ATB官网产生）。xy和z方向分别控压也不行，NVT的mdp文件见附件，控压部分注释掉了

另外模拟前是六方晶胞，模拟后自动转化为四方晶系了，这个影响结果吗，怎么更改为四方晶胞

改用GAFF力场后，晶面跑没了：

(, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-12 08:43
烯烃用sobtop产生GAFF力场的拓扑文件。如果之后还有问题，照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查，并且注意下文说的一些细节问题
谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综
http://sobereva.com/761（http://bbs.keinsci.com/thread-57835-1-1.html）

trjconv结合-ur tric -pbc mol转换轨迹。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2026-2-13 17:08
从Pd晶体切出表面建模的时候就能做晶格矢量变换了。
http://bbs.keinsci.com/thread-54125-1-1.html

重氮甲烷CH2N2的成键方式不算简单，这是怎么能用GROMOS54a7力场描述的？如果是要模拟金属钯催化CH2N2对烯烃的cyclopropanation之类有机化学反应，GROMACS的经典分子力场模拟应该没法描述成键断键吧。

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2026-2-24 08:28

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-2-13 17:08
从Pd晶体切出表面建模的时候就能做晶格矢量变换了。
http://bbs.keinsci.com/thread-54125-1-1.html

谢谢老师。

CH2N2的力场是ATB官网上下载的http://atb.uq.edu.au/，另外我是为了模拟金属与底物和CH2N2的吸附与相互作用，不模拟化学变化

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2026-2-24 08:38

sobereva 发表于 2026-2-12 08:43
烯烃用sobtop产生GAFF力场的拓扑文件。如果之后还有问题，照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查， ...

sob老师好，请教一下GAFF力场的[defaults]与GROMOS力场不一致，怎么混用这两个力场？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2026-2-24 09:49

yaoyuan0711 发表于 2026-2-24 08:28
谢谢老师。

CH2N2的力场是ATB官网上下载的http://atb.uq.edu.au/，另外我是为了模拟金属与底物和CH2N2 ...

不用叫我老师哦。我怀疑这个CH2N2拓扑文件不甚合理，请上传一份以便检查，另外也跑一个只有CH2N2的体系的NPT模拟看看。

面对这种特殊微型体系，最好能在既往文献找到特制优化验证过的分子力场描述，而不是像普通有机分子那样随便拿通用拓扑文件制作工具处理。

你提到的文章的金属单质L-J势经过单位换算应该是可以和GAFF联用的（见此帖开始的问答），而GAFF和GROMOS确实不能联用也没有理由联用。

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2026-2-24 14:03

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-2-24 09:49
不用叫我老师哦。我怀疑这个CH2N2拓扑文件不甚合理，请上传一份以便检查，另外也跑一个只有CH2N2的体系的 ...

CH2N2的结构和TOP文件已经上传了

再请教一下是使用GAFF的[defaults]，然后把金属的C6 C12参数换算成sigma和epsilon？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-25 03:41

yaoyuan0711 发表于 2026-2-24 08:38
sob老师好，请教一下GAFF力场的[defaults]与GROMOS力场不一致，怎么混用这两个力场？

没有任何理由混用
本来GAFF就直接兼容JPCC那篇文章的LJ参数，并且也强烈推荐用sobtop产生GAFF力场的当前体系涉及的有机分子的拓扑文件（但如果文献里有专一性力场就优先用专一性的）。模拟此体系根本没GROMOS力场什么事

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2026-2-25 11:45

sobereva 发表于 2026-2-25 03:41
没有任何理由混用
本来GAFF就直接兼容JPCC那篇文章的LJ参数，并且也强烈推荐用sobtop产生GAFF力场的当前 ...

请教一下您，JPCC中Table 1的r0（埃）对应GAFF的sigma（nm），epsilon0（kcal/mol）对应GAFF的epsilon（kJ/mol），然后把单位换算一下就行了吧？对应的TOP文件我上传了，您看一下对不对

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2026-2-25 16:40

sobereva 发表于 2026-2-25 03:41
没有任何理由混用
本来GAFF就直接兼容JPCC那篇文章的LJ参数，并且也强烈推荐用sobtop产生GAFF力场的当前 ...

sob老师，我改用GAFF力场后，模拟只有Pd金属的NVT系综，Pd虽然没有跑散，但是晶面没了，附图在上面

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2026-2-26 16:11

yaoyuan0711 发表于 2026-2-25 11:45
请教一下您，JPCC中Table 1的r0（埃）对应GAFF的sigma（nm），epsilon0（kcal/mol）对应GAFF的epsilon（k ...

已解决，单位换算错了

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