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标题: 分享VMD脚本勾勒溶剂盒子外框 [打印本页]

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Author: SharkYYX2025 时间: 前天 14:41
标题: 分享VMD脚本勾勒溶剂盒子外框
本帖最后由 SharkYYX2025 于 2026-2-15 00:07 编辑

除了模拟快照（如下第一个），通常在发文章时可以展示一下具有艺术效果的图，放在正文提升文章档次。
这个脚本用于调整几个materials的颜色和透明度，然后勾勒溶剂盒子外框，获得非常曼妙的彩图

看起来优雅，适用于发文章。适用于溶质-溶剂类的模拟，我这里都是做的小分子

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下面说步骤：
步骤一：在VMD载入结构文件，比如gro pdb xyz。设置rep，逐层选择溶质然后恰当调整显示方式和颜色。用resname选出溶剂，我这里溶剂叫SOL
下图左：选择dynamicbonds，材质选glass1（根据喜好也可以选择transparent/ghost，但我脚本只优化了glass1）. 这个是设置背景里头的一大群小分子溶剂，我一般选择银色灰色粉色 iceblue，比较浅，不要比溶质显眼
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步骤二：设置rep，如上图右，选择quicksurf，将材质选为GlassBubble/BlownGlass/Diffuse，然后调大右下角radius 和density（红框里头），使溶剂从小气泡变成连续的大方块。然后选择一个合适的颜色，我觉得浅色比较好看。
推荐拿VMD调色盘调个浅色、莫兰迪色。在这个脚本最后几行我已经调了几个（如下），大家直接复制color change这行，粘贴到VMD命令行就行，改31号颜色。#表示被注释掉不启用

#一些浅色：（按顺序）浅紫色浅蓝色浅蓝绿色浅橙色
#color change rgb 31 0.745098 0.592157 0.827451

复制代码

使用这个脚本，一键调整Glass1 GlassBubble/BlownGlass/Diffuse的细节，（直接用原版不够完美，不透明会遮挡溶质）。我已经调好了，效果比较浅色清透
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具体地，在VMD窗口输入 source gmxuse.vmd 就可以使用脚本，一键修改这几个材质。进一步，可以把下面代码加入vmd目录下的vmd.rc文档。然后平时直接输入“gmxuse”就可以启用这个脚本，少打几个字~又给自己省心了

proc gmxuse {} {source gmxuse.vmd}

复制代码

具体说下三个溶剂盒子的区别：
GlassBubble是清透浅色的，比较淡雅。我最后放的例子大部分是GlassBubble做的，百搭的选择
BlownGlass适合勾勒出内部的溶剂空腔，立体感更强，有那种深邃黑暗的感觉。比如溶质不溶于溶剂，在内部形成疏水区，更适合这个，凹凸感
Diffuse没有太多立体感，就是正常把外框勾画出来，比较平面
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步骤三：拿Tachyon渲染后得到图片。注，如果直接在VMD里面看，溶剂框子颜色很浅。

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VMD与分子模拟相关参考如下，不熟悉的可以移步。推荐VMD调色盘，非常天才，很好用
分类 VMD 下的文章 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元  http://sobereva.com/category/VMD/
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元  http://sobereva.com/624
VMD里原子选择语句的语法和例子 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元  http://sobereva.com/504
VMD调色盘 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社  http://bbs.keinsci.com/thread-57855-1-1.html
谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社  http://bbs.keinsci.com/thread-57835-1-1.html

最后展示一下例子
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