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标题: 求助：粗粒化模拟时怎么固定住与蛋白质配位的金属离子 [打印本页]

作者
Author: 学不会太难啦 时间: 前天 08:57
标题: 求助：粗粒化模拟时怎么固定住与蛋白质配位的金属离子

我在通过粗粒化模拟一个膜蛋白，这个蛋白存在钙离子结合位点，但是我对钙离子施加了position restrain之后钙离子仍会脱离结合位点。

#ifdef POSRES_CA
[ position_restraints ]
; i funct fcx fcy fcz
1 1 1000 1000 1000
#endif

我想请教一下还有什么办法可以约束钙离子的位置，谢谢！

作者
Author: fhh2626 时间: 前天 11:23
用Colvars约束相关原子的距离即可

作者
Author: sobereva 时间: yesterday 07:53
本来这就不是位置限制干的事
应当用[bonds]给蛋白质的与Ca2+显著静电相互作用的原子（如羧基氧）之间加上距离限制势

作者
Author: 学不会太难啦 时间: 5 hour ago

fhh2626 发表于 2026-2-19 11:23
用Colvars约束相关原子的距离即可

谢谢老师，我研究一下！

作者
Author: 学不会太难啦 时间: 5 hour ago

sobereva 发表于 2026-2-20 07:53
本来这就不是位置限制干的事
应当用给蛋白质的与Ca2+显著静电相互作用的原子（如羧基氧）之间加上距离限制 ...

我明白了，谢谢老师！

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