计算化学公社

标题: 求助，关于电解液的拓扑文件构建流程是怎样的 [打印本页]
作者
Author: L228870573    时间: 2026-2-19 11:00
标题: 求助，关于电解液的拓扑文件构建流程是怎样的
目前我想做一个H2O、Zn(BF)4、sulfolane、ZnCl2电解液的分子动力学，有几个问题不明白。
1、Zn2+应该用什么力场，拓扑文件该怎样产生？
2、BF4-是采用Sobtop例1中的做法产生拓扑文件，还是用参考文献中提及的OPLS Force Field，其中有现成的参数（图1），如果用这个参数的话，是用sobtop产生一个拓扑文件，然后将数据手动填充上去吗（图2）？
3、对于sulfolane应该是用sobtop生成基于GAFF的拓扑文件是最好的选择，那这样的话，GAFF和OPLS两个力场可以兼容吗？如果可以混用，那力场文件应该怎样恰当include到top里面，程序是如何判断不同组分用哪种力场呢，是基于[atomtypes]中name的不同命名方式吗？
4、以上这些是否都可以用基于water环境计算的RESP2电荷？
图1：
(, 下载次数 Times of downloads: 12)
图2：
(, 下载次数 Times of downloads: 10)
作者
Author: student0618    时间: 2026-2-19 14:47
本帖最后由 student0618 于 2026-2-20 01:40 编辑

1. 直接引用力场自带的ions.itp或者用Merz

2-4. OPLS和GAFF不兼容，只能选其一。
        如果用GAFF/GAFF2直接用Multiwfn及Sobtop算，简单直接。
        如果用文献OPLS-AA要补没有的参数就LigParGen跑再用Multiwfn算电荷，见计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 21462&fromuid=64740 (出处: 计算化学公社)
作者
Author: L228870573    时间: 2026-2-21 16:50
student0618 发表于 2026-2-19 14:47
1. 直接引用力场自带的ions.itp或者用Merz

2-4. OPLS和GAFF不兼容，只能选其一。

十分感谢耐心解答，我参考了Sobtop的例1和以及《使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件》，使用Gaussian对BF4做优化+振动分析，关键词#p tpssh/def2tzvp opt freq，优化后的out文件用Gaussian view查看了键角为90°，现有文献记载是109.5°，键长也不一致，这种情况是我优化的过程写错了关键词吗？
作者
Author: SharkYYX2025    时间: 2026-2-21 22:18
本帖最后由 SharkYYX2025 于 2026-2-21 22:30 编辑

我前两天做BF4-也遇到这个问题。如果初猜弄成平面四边形，优化出来就是F-B-F键角 90度，有没有虚频我忘了。你可以看看你的有没有虚频

但是网上查一下可知，BF4-合理构型是正四面体。所以初猜可以尽量利用对称性 弄成正四面体，比如gview画个CH4然后替换原子
这个是算好的 (, 下载次数 Times of downloads: 2) (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 1)   我优化的比较糙，做案例练手用的。发文章建议用好点的基组

itp长这样。但我用的乙醇算的RESP2(0.5)，可能和你的原子电荷略有区别 (, 下载次数 Times of downloads: 1)
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元  http://sobereva.com/531
作者
Author: L228870573    时间: 2026-2-22 10:16
SharkYYX2025 发表于 2026-2-21 22:18
我前两天做BF4-也遇到这个问题。如果初猜弄成平面四边形，优化出来就是F-B-F键角 90度，有没有虚频我忘了。 ...

非常非常感谢，我初猜确实弄成了平面四边形，没有虚频，我以为随便摆摆就能优化到比较实际的情况，也可能是我这个关键词不合理，非常非常感谢呀
作者
Author: L228870573    时间: 2026-2-22 10:17
L228870573 发表于 2026-2-22 10:16
非常非常感谢，我初猜确实弄成了平面四边形，没有虚频，我以为随便摆摆就能优化到比较实际的情况，也可能 ...

非常非常感谢，我初猜确实弄成了平面四边形，没有虚频，我以为随便摆摆就能优化到比较实际的情况，也可能是我这个关键词不合理，非常非常感谢呀



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