计算化学公社

标题: Molclus调用xtb优化结构后的.out文件怎么打开 [打印本页]

作者
Author: l540485449 时间: 2026-2-20 21:43
标题: Molclus调用xtb优化结构后的.out文件怎么打开
(, 下载次数 Times of downloads: 10) (, 下载次数 Times of downloads: 10)

Molclus调用xtb优化结构后的.out文件，无法打开查看结构

我想用gaussian view 查看

没有在说明书的部分找到，请各位老师帮忙看一下！！

非常感谢！

作者
Author: KazusaT 时间: 2026-2-20 23:16
xtb的out文件本来就不能用Gview看，你用记事本打开看看就知道了。

作者
Author: wal 时间: 2026-2-20 23:29
本帖最后由 wal 于 2026-2-20 23:57 编辑

xtb的out文件并非gview可识别的格式。不过xyz文件和trj文件倒是有办法弄到gview上，只要你将本贴里的程序设定为xyz文件默认打开方式即可，这样你可以在gview里可视化molclus输出的轨迹文件。

作者
Author: l540485449 时间: 2026-2-21 12:21

KazusaT 发表于 2026-2-20 23:16
xtb的out文件本来就不能用Gview看，你用记事本打开看看就知道了。

谢谢老师！新年快乐！

作者
Author: l540485449 时间: 2026-2-21 12:25

wal 发表于 2026-2-20 23:29
xtb的out文件并非gview可识别的格式。不过xyz文件和trj文件倒是有办法弄到gview上，只要你将本贴里的程序设 ...

谢谢老师，按照你的方法试了，可以打开！

老师请问xtb结构优化后的out文件是无法可视化的吗？

作者
Author: wal 时间: 2026-2-21 12:35

l540485449 发表于 2026-2-21 12:25
谢谢老师，按照你的方法试了，可以打开！

老师请问xtb结构优化后的out文件是无法可视化的吗？

也许可以，但是没人在这方面下功夫，因为没必要，xtb运行是会产生标准结构文件的。

作者
Author: l540485449 时间: 2026-2-21 22:51

wal 发表于 2026-2-21 12:35
也许可以，但是没人在这方面下功夫，因为没必要，xtb运行是会产生标准结构文件的。

老师，我再请教一个问题。

我用Molclus程序调用的xTB，所有产生的文件只有out. 而没有生成xyz坐标文件，

可以用这个生成的out文件再xTB里面再跑一边opt，然后生成xyz问价吗？

作者
Author: wal 时间: 2026-2-21 23:05

l540485449 发表于 2026-2-21 22:51
老师，我再请教一个问题。

我用Molclus程序调用的xTB，所有产生的文件只有out. 而没有生成xyz坐标文件 ...

不行。xtb不认自己的out文件。
为什么要这么做？你的目的是？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-22 08:35
Multiwfn调用xtb计算后得到的坐标就已经体现在了molclus产生的isomers.xyz里，直接看这里面的结构就完了

作者
Author: l540485449 时间: 2026-2-23 05:51

wal 发表于 2026-2-21 23:05
不行。xtb不认自己的out文件。
为什么要这么做？你的目的是？

我是下一步要通过gaussian 生成的fck文件

通过Multiwfn计算分子键的氢键，然后通过VMD进行可视化，我是再sob老师那里看到的《计算分子内氢键键能的几种方法》

作者
Author: wal 时间: 2026-2-24 15:41

l540485449 发表于 2026-2-23 05:51
我是下一步要通过gaussian 生成的fck文件

通过Multiwfn计算分子键的氢键，然后通过VMD进行可视化，我 ...

推荐重新学习molclus的使用方法，你说的完全可以用molclus调度实现。
当然，如果你实在想用最笨的办法绕最远的路，也可以让AI帮你写一个xtb输出转xyz文件的脚本，这应该不难。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)