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标题: VASP中Direct坐标转换成Cartesian坐标的小脚本 [打印本页]

作者
Author: lqcata 时间: 2017-5-11 16:29
标题: VASP中Direct坐标转换成Cartesian坐标的小脚本
1 python 脚本
2 适用于VASP，默认读取Direct坐标的POSCAR，如果想转换CONTCAR，先 mv CONTCAR POSCAR
3 如果POSCAR已经是Cartesian坐标，就没必要再运行了，否则结构就会出错
4 把脚本放到服务器的 bin 文件夹里
5 chmod u+x ~/bin/dire2cart.py
6 进入POSCAR所在的文件夹，在终端运行命令即可： dire2cart.py
7 第5步没有进行的话，需要把脚本放到和POSCAR同一个文件夹里，然后敲命令： python dire2cart.py
8 转换后的POSCAR被命名成 POSCAR_C
9 脚本很容易，大家可以用vim打开，随意修改

作者
Author: lonelycvavc 时间: 2017-5-11 20:04
谢谢分享，确实好用，但是想请教一下，什么时候会需要用到Direct坐标转换为Cartesian坐标的功能呢？有时候我倒是希望反过来把Cartesian坐标改成Direct坐标，这个可以实现吗？

作者
Author: lqcata 时间: 2017-6-7 22:08
可以实现的，一般VASP的输出文件是direct坐标形式的。 Cartesian 坐标在调节原子位置的时候比较形象直观一些。p4vasp 也可以实现两者的切换。

作者
Author: GuoBa2011 时间: 2019-12-23 10:56
报错了哎，楼主大大有什么解决办法么
Traceback (most recent call last):
File "/root/bin/dire2cart.py", line 33, in <module>
x_cartesian.append(float(line[i].split()[0]) * a1 + float(line[i].split()[1]) * a2 + float(line[i].split()[2]) * a3)
ValueError: could not convert string to float: Direct

作者
Author: 小仙女fantastic 时间: 2020-7-22 17:15

GuoBa2011 发表于 2019-12-23 10:56
报错了哎，楼主大大有什么解决办法么
Traceback (most recent call last):
File "/root/bin/dire2cart. ...

您好，这个报错您解决了没有，我也遇到一样的问题。

作者
Author: GuoBa2011 时间: 2021-5-20 19:07

小仙女fantastic 发表于 2020-7-22 17:15
您好，这个报错您解决了没有，我也遇到一样的问题。

没有，但是用vesta可以做到这个，我现在用这个

作者
Author: 哈库那摩塔塔 时间: 2021-6-30 15:10

lqcata 发表于 2017-6-7 22:08
可以实现的，一般VASP的输出文件是direct坐标形式的。 Cartesian 坐标在调节原子位置的时候比较形象直观一 ...

请问有Cartesian坐标转换为Direct坐标的脚本吗

作者
Author: GuoBa2011 时间: 2021-11-5 19:53

哈库那摩塔塔发表于 2021-6-30 15:10
请问有Cartesian坐标转换为Direct坐标的脚本吗

vesta一样能做到啊

作者
Author: sun0615 时间: 2023-12-1 17:43
本帖最后由 sun0615 于 2023-12-1 17:45 编辑

小仙女fantastic 发表于 2020-7-22 17:15
您好，这个报错您解决了没有，我也遇到一样的问题。

雖然很久的帖子了還是回復一下
可能是不同版本的軟件產生POSCAR格式不同的問題
座標開始的行數不同。
把dire2cart.py中的start_num從9,8改成10,9就好了。

另外這是python2的語法，print沒有()，用python3執行也會報錯，加個()就好了

作者
Author: 小仙女fantastic 时间: 2023-12-4 22:41

sun0615 发表于 2023-12-1 17:43
雖然很久的帖子了還是回復一下
可能是不同版本的軟件產生POSCAR格式不同的問題
座標開始的行數不同。

好的，谢谢您

作者
Author: JWHOWO 时间: 2024-5-18 09:29

sun0615 发表于 2023-12-1 17:43
雖然很久的帖子了還是回復一下
可能是不同版本的軟件產生POSCAR格式不同的問題
座標開始的行數不同。

谢谢！

作者
Author: cywu 时间: 2024-9-30 13:09
在之前的基础上稍微改了一点点，现在可以在vasp5.4之类的的版本上直接用了

记得用python2运行

作者
Author: 我爱学习d 时间: 2024-10-29 18:48
请问有没有关于XDATCAR的转换脚本呀谢谢大佬

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