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标题: 用CP2K计算NEB，每个NEB点都停留在Step1，且NEB.out不更新 [打印本页]

作者
Author: Ying_Zhang 时间: 2026-2-24 01:18
标题: 用CP2K计算NEB，每个NEB点都停留在Step1，且NEB.out不更新
本帖最后由 Ying_Zhang 于 2026-2-24 01:59 编辑

麻烦各位老师提供一下建议。

计算89个原子的体系，在NEB.inp中，设置NUMBER_OF_REPLICA 9和NPROC_REP 48，提交任务时使用9个节点（每个节点48核）。不知道为啥，在NEB.out中，在一开始的“ REPLICA| MPI process to grid(group,rank) correspondence:”就停止更新信息（图1）。且在各个NEB点的NEB-BAND.out文件中，始终停留在Step1，Band Step Nr. : 1，一直显示在这个阶段计算（图2）。下面是NEB输入和输出文件，以及各个点的输出文件及提交文件的脚本。CI-NEB文件中，有结构文件，如果有时间，麻烦大家帮忙运行一下，不知道是不是CP2K编译的问题。

谢谢老师们！

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-25 04:11
确保单节点跑没问题再说多节点的事，避免把问题复杂化
从副本的out文件来看正在跑着，并非异常卡住

作者
Author: kirSTY 时间: 2026-2-25 08:12
正常的，主函数需要尝试不同NEB步长，会要求各副本进行多次SCF计算以提供主函数所需的力、能量等数据，直到主函数找到能量下降的点才会更新新的一步out点位。

作者
Author: Ying_Zhang 时间: 2026-2-25 18:07

kirSTY 发表于 2026-2-25 08:12
正常的，主函数需要尝试不同NEB步长，会要求各副本进行多次SCF计算以提供主函数所需的力、能量等数据，直到 ...

是的我拿培训班的例子跑了一下后面out文件有更新 NEB.out也更新不是软件的问题不过想问一下有没有减少这个时间的方法跑了很长时间很多点都没更新到Step1 太慢了感谢回复

作者
Author: Ying_Zhang 时间: 2026-2-25 18:12

kirSTY 发表于 2026-2-25 08:12
正常的，主函数需要尝试不同NEB步长，会要求各副本进行多次SCF计算以提供主函数所需的力、能量等数据，直到 ...

是的，我后面又拿培训班的例子跑了一下，发现NEB.out文件有更新，且相应NEB的点out文件也进行到70多步，没有像我自己的模型，一直卡在第一步，不更新，不是软件的问题。不过，麻烦请问一下，如何调整参数，使这个时间缩短，5个小时都没更新到Step1，始终在Step 0。感谢回复。

作者
Author: Ying_Zhang 时间: 2026-2-25 18:16

sobereva 发表于 2026-2-25 04:11
确保单节点跑没问题再说多节点的事，避免把问题复杂化
从副本的out文件来看正在跑着，并非异常卡住

sob老师，我的一个节点48核，现在每个结构89个原子，有10个NEB点，48个核够用吗？顺便想问一下，您一般如何选择节点数，基于您体系的原子数量，以及NEB/结构优化/能量计算任务，感谢sob老师回复。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-26 05:42

Ying_Zhang 发表于 2026-2-25 18:16
sob老师，我的一个节点48核，现在每个结构89个原子，有10个NEB点，48个核够用吗？顺便想问一下，您一般如 ...

一个个排除各种可能导致异常的原因，诸如跨节点并行有问题之类，所以如果你觉得明显异常就先用单节点测试
然而当前的输出文件并没体现计算有什么必然的异常，副本的out文件可见正在跑着，NEB每一步所有image优化收敛时主out文件才会有新的信息输出并开始跑NEB下一步。搞清楚计算逻辑，结合实际耗时自行判断是什么情况

作者
Author: kirSTY 时间: 2026-2-26 15:30

Ying_Zhang 发表于 2026-2-25 18:16
sob老师，我的一个节点48核，现在每个结构89个原子，有10个NEB点，48个核够用吗？顺便想问一下，您一般如 ...

更改弹簧弹性、更改搜索步长、搜索算法等等，培训班有讲过的

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