计算化学公社

标题: 求个提交高斯作业的pbs脚本文件 [打印本页]

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2017-5-11 18:07
标题: 求个提交高斯作业的pbs脚本文件
本人linux小白，刚刚网上搜了下，开头基本都是

#!/bin/sh

#PBS -N jobname

#PBS -o job.log

#PBS -e job.err

#PBS -q

后面的内容有两种情况，有的是一堆echo，有的跟的是高斯的环境变量。不是很懂，脚本是不是还可以简洁些？因为高斯的环境变量已经都设置好了。所以求个大家正在用的脚本文件学习下，先谢谢啦！

另，本人服务器用的是Torque+maui的组合

作者
Author: raitoliu 时间: 2017-5-11 19:09
  1 #!/bin/sh
  2 #PBS -l nodes=1:ppn=20
  3 #PBS -N COOH2.gjf
  4 #PBS -j oe
  5
  6 cd $PBS_O_WORKDIR
  7
  8
  9 NODES=`cat $PBS_NODEFILE | uniq`
10 echo "--------------------------------------------------------"
11 echo "  JOBID: $PBS_JOBID"
12 echo "  The job was started at `date`"
13 echo "  The job was running at $NODES."
14
15 # Run G09 Job
16 g09 COOH2.gjf
17
18 echo "  The job was finished at `date`"
19 echo "--------------------------------------------------------"
20
21 # Delete the tmp File
22 #rm -rf /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID
23

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-5-11 20:04
#!/bin/sh
#PBS -N Gaussian
#PBS -o job.log
#PBS -e err.log
#PBS -q yuan
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l mem=6000mb
#PBS -l walltime=1440:00:00
#PBS -j oe

mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID
cd /tmp/$PBS_JOBID

INPUT_NAME=D3 ##这里输入文件名，不含拓展名##

g09 $INPUT_NAME.com
wait
formchk $INPUT_NAME.chk
wait
rm -rf $INPUT_NAME.chk

cp -r /tmp/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR
rm -rf /tmp/$PBS_JOBID

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2017-5-12 17:13
谢谢楼上两位，非常有用！另外还在摸索作业调度管理系统，长路漫漫啊！

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2017-7-5 15:07
基于楼上两位的脚本，修改了个简单版的，实测有效（作业调度系统为torque + maui）

#PBS -N Gaussian
#PBS -o job.log
#PBS -e err.log
#PBS -l nodes=node3:ppn=8
#PBS -l walltime=1440:00:00
#PBS -j oe
cd $PBS_O_WORKDIR
g09 jobname.com

作者
Author: secret 时间: 2019-10-4 22:30

xiaowandouer 发表于 2017-7-5 15:07
基于楼上两位的脚本，修改了个简单版的，实测有效（作业调度系统为torque + maui）

#PBS -N Gaussian

你好，请问这个能实现一个文件夹内批量计算吗？

作者
Author: 冬青 时间: 2019-12-6 20:40

secret 发表于 2019-10-4 22:30
你好，请问这个能实现一个文件夹内批量计算吗？

您可以搜一下社长之前的帖子，高斯实用脚本与命令，里边有批量工作的脚本

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