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标题: gromacs计算MOF材料和有机分子相互作用时，cutoff设置为1.2到底对不对，能否再增大 [打印本页]

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Author: SSS 时间: 2026-2-26 16:37
标题: gromacs计算MOF材料和有机分子相互作用时，cutoff设置为1.2到底对不对，能否再增大
使用gromacs计算一个MOF超胞(由8个晶胞组成)材料和3个有机分子MOL在水环境中的相互作用，构建的立方盒子，边长5.3 nm，设置了不同的cutoff（ rcoulomb和rvdw=1.2/1.5/2.6 nm ）取得了不同的能量（如下图1），特别是库伦相互作用相差很大，分别为-316.9、-544.612、-1088.38kJ/mol，然后我想看看随着cutoff的增加，静电作用是否会收敛（使用同一个轨迹改变cutoff的值后rerun），发现也是随cutoff的增加而增大，收敛趋势不明显（图2），我的问题是1. 我看好几篇文献中设置的cutoff都是1.0~1.2 nm(盒子边长约10 nm)，那么我是否还是应该使用cutoff=1.2 nm？2. cutoff能否选择1.5nm 或者2.6nm是否合理呢，他们之间的相互作用相差又太大了。
图1： (, 下载次数 Times of downloads: 16)

图2： (, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-26 16:48
看清楚板块再发贴，求助学术贴不得发到“公社大厅”板块，公社大厅板块http://bbs.keinsci.com/forum-79-1.html版头超级巨大的红字提示得极其明确。这次给你移动了，下次如果普通学术求助帖再发到“公社大厅”板块，直接删帖+记违规+扣分处理。

作者
Author: SSS 时间: 2026-2-26 17:49

sobereva 发表于 2026-2-26 16:48
看清楚板块再发贴，求助学术贴不得发到“公社大厅”板块，公社大厅板块http://bbs.keinsci.com/forum-79-1. ...

好的，谢谢老师，看了新手发帖还是粗心了。

作者
Author: yuzc 时间: 2026-2-27 14:42
你要知道很多力场在做测试的时候，有一个cutoff的使用标准。也就是说很多参数是在固定cutoff或者某cutoff区间下refine出来的。
所以并不是一味增大cutoff就会更准，有时候反而会出现吸引过强的情况。
如gaff和opls-aa都是12.5A左右。

作者
Author: SSS 时间: 2026-2-28 09:39
本帖最后由 SSS 于 2026-2-28 09:40 编辑

yuzc 发表于 2026-2-27 14:42
你要知道很多力场在做测试的时候，有一个cutoff的使用标准。也就是说很多参数是在固定cutoff或者某cutoff区 ...

学习了，谢谢您！那么我测试的随cutoff增加而静电作用增强的情况应该就是您说的吸引过强的情况，我使用的CHARMM36力场，查看gromacs手册，建议在使用charmm力场时使用cutoff=1.2 nm，我可以认为charmm36的cutoff使用标准就是1.2nm吧？C:\Users\苏苏\Desktop\1.png

作者
Author: yuzc 时间: 2026-2-28 14:58
是的，可以这么理解，这个是官方推荐的参数。
具体的benchmark可以看charmm的作者课题组发表的一系列文章。里面还有其他的截断，电荷方案等等。
需要注意一点的是，因为charmm常常要搭配cgenff，而cgenff的电荷方案非常封闭，所以我的建议是除非有文献特别说明了必须用charmm36，否则可以改用amber & gaff2/ OPLS-AA系列。

作者
Author: SSS 时间: 2026-2-28 16:04
本帖最后由 SSS 于 2026-2-28 17:04 编辑

yuzc 发表于 2026-2-28 14:58
是的，可以这么理解，这个是官方推荐的参数。
具体的benchmark可以看charmm的作者课题组发表的一系列文章 ...

谢谢老师的解答和建议，看charmm的推荐设置（图1和图2a）时又产生了另一个疑问，推荐使用了vdw-modifier=force-switch而关闭了长程校正(DispCorr=no)。我的疑问是：我的体系是周期性的，并且盒子被原子填满，一般建议使用长程校正DispCorr=EnerPres，那是应该像图2b那样设置，打开长程校正并使用默认vdw-modifier，还是使用CHARMM36的推荐设置(图2a)更合理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-28 22:57

SSS 发表于 2026-2-28 16:04
谢谢老师的解答和建议，看charmm的推荐设置（图1和图2a）时又产生了另一个疑问，推荐使用了vdw-modifier= ...

用官方的推荐设置

作者
Author: SSS 时间: 2026-3-2 06:46

sobereva 发表于 2026-2-28 22:57
用官方的推荐设置

好的，谢谢老师

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