计算化学公社

标题: gromacs计算MOF材料和有机分子相互作用时，cutoff设置为1.2到底对不对，能否再增大 [打印本页]

作者
Author: SSS 时间: 4 hour ago
标题: gromacs计算MOF材料和有机分子相互作用时，cutoff设置为1.2到底对不对，能否再增大
使用gromacs计算一个MOF超胞(由8个晶胞组成)材料和3个有机分子MOL在水环境中的相互作用，构建的立方盒子，边长5.3 nm，设置了不同的cutoff（ rcoulomb和rvdw=1.2/1.5/2.6 nm ）取得了不同的能量（如下图1），特别是库伦相互作用相差很大，分别为-316.9、-544.612、-1088.38kJ/mol，然后我想看看随着cutoff的增加，静电作用是否会收敛（使用同一个轨迹改变cutoff的值后rerun），发现也是随cutoff的增加而增大，收敛趋势不明显（图2），我的问题是1. 我看好几篇文献中设置的cutoff都是1.0~1.2 nm(盒子边长约10 nm)，那么我是否还是应该使用cutoff=1.2 nm？2. cutoff能否选择1.5nm 或者2.6nm是否合理呢，他们之间的相互作用相差又太大了。
图1： (, 下载次数 Times of downloads: 0)

图2： (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: sobereva 时间: 4 hour ago
看清楚板块再发贴，求助学术贴不得发到“公社大厅”板块，公社大厅板块http://bbs.keinsci.com/forum-79-1.html版头超级巨大的红字提示得极其明确。这次给你移动了，下次如果普通学术求助帖再发到“公社大厅”板块，直接删帖+记违规+扣分处理。

作者
Author: SSS 时间: 3 hour ago

sobereva 发表于 2026-2-26 16:48
看清楚板块再发贴，求助学术贴不得发到“公社大厅”板块，公社大厅板块http://bbs.keinsci.com/forum-79-1. ...

好的，谢谢老师，看了新手发帖还是粗心了。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)