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标题: 使用Gaussian与xtb联用时的报错问题 [打印本页]

作者
Author: xinxin19 时间: 2026-2-27 11:39
标题: 使用Gaussian与xtb联用时的报错问题
本帖最后由 xinxin19 于 2026-2-27 13:36 编辑

各位老师好，我在使用Gaussian与xtb搜索HF2-与SiO2的过渡态，操作方法根据社长的方法进行：将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html），但出现了以下的错误，见xtb输出文件。
但是我同样使用Gaussian与xtb搜索其他反应的过渡态，模拟能够正常结束，所以可能是我输入文件的问题么；但是我将相同结构的输入文件（windows系统下高斯输入文件的结构与xtb连用时的输入文件的结构相同，只是修改了关键词：#p opt=(calcfc,ts,noeigen) freq b3lyp/6-31g(d) scrf=(solvent=water) em=gd3bj）放入Windows系统下的高斯计算，模拟能够跑下去（虽然报了l9999的错误）。所以想请教各位老师，可能是哪种原因导致的呢，我已将输入输出文件上传。
Leave Link  301 at Fri Feb 27 11:08:23 2026, MaxMem= 131072000 cpu:       0.0
(Enter /home/aaa/g09/l402.exe)
External calculation of energy and first derivatives.
Running external command "./xtb.sh R"
      input file    "/home/aaa/g09/scratch/Gau-1949.EIn"
      output file    "/home/aaa/g09/scratch/Gau-1949.EOu"
      message file    "/home/aaa/g09/scratch/Gau-1949.EMs"
      fchk file       "/home/aaa/g09/scratch/Gau-1949.EFC"
      mat. el file    "/home/aaa/g09/scratch/Gau-1949.EUF"
Generating mol.tmp
Generating mol.xyz via genxyz
Running: xtb mol.xyz --chrg 1 --uhf 0 --grad > xtbout
xtb running finished!
Extracting data from xtb outputs via extderi

作者
Author: KAIMISITERUI 时间: 2026-2-27 12:12
你应该看xtb那边的输出文件才能判断出了什么问题

作者
Author: wzkchem5 时间: 2026-2-27 12:13
上传高斯的输出和xtb的输出，以及stderr输出

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-27 12:57
Gaussian与xtb联用并不是原生功能，提问时应当先说明是怎么实现的，根据你的输出来看是通过下文做法实现的
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）

当前Gaussian输出文件里并没有提示有任何错误。如果到此任务就异常中断了，通过检查xtbout判断

“放入Windows系统下的高斯计算”描述不准确。上文的脚本根本没法直接在Windows里直接运行，如果用了什么特殊做法，诸如WSL，必须明确交代清楚。

作者
Author: xinxin19 时间: 2026-2-27 12:58

KAIMISITERUI 发表于 2026-2-27 12:12
你应该看xtb那边的输出文件才能判断出了什么问题

好的，谢谢提醒，我上传了xtb的输入与输出文件，以及高斯的输入与输出文件，由于高斯的输出文件较大，所以压缩上传

作者
Author: xinxin19 时间: 2026-2-27 13:00
本帖最后由 xinxin19 于 2026-2-27 13:44 编辑

wzkchem5 发表于 2026-2-27 12:13
上传高斯的输出和xtb的输出，以及stderr输出

好的，老师，已经上传了高斯的输出和xtb的输出，老师，您提到的stderr输出是什么呢；老师，您觉着在目前这个结构下，应该怎么调整能找到过渡态呀

作者
Author: xinxin19 时间: 2026-2-27 13:39

sobereva 发表于 2026-2-27 12:57
Gaussian与xtb联用并不是原生功能，提问时应当先说明是怎么实现的，根据你的输出来看是通过下文做法实现的
...

好的老师，我在提问帖中添加了具体的操作方法，即使用您开放的相关接口实现Gaussian与xtb联用；
老师，您提到的xtbout是我上传的xtb的输出out文件么，具体应该怎么通过xtbout检查判断呀；还能再请您看一下我这个过渡态初始结构哪里有问题么，为什么总是找不到过渡态结构呀

作者
Author: wzkchem5 时间: 2026-2-28 12:09

xinxin19 发表于 2026-2-27 13:00
好的，老师，已经上传了高斯的输出和xtb的输出，老师，您提到的stderr输出是什么呢；老师，您觉着在目前 ...

任何AI都能告诉你什么叫stderr，以及怎么看。这是计算机常识

作者
Author: wzkchem5 时间: 2026-2-28 12:11

xinxin19 发表于 2026-2-27 13:39
好的老师，我在提问帖中添加了具体的操作方法，即使用您开放的相关接口实现Gaussian与xtb联用；
老师， ...

你上传的根本不是xtb的输出文件。输出文件里面那么大的字写的Gaussian，怎么可能是xtb输出文件
检查是否有文件名是xtbout，且没有扩展名的文件

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-28 22:59

xinxin19 发表于 2026-2-27 13:39
好的老师，我在提问帖中添加了具体的操作方法，即使用您开放的相关接口实现Gaussian与xtb联用；
老师， ...

一定要有根据提示判断问题的能力
提示里写了Running: xtb mol.xyz --chrg 1 --uhf 0 --grad > xtbout，显然是这个接口正在调用xtb进行计算，得到的xtb输出文件是xtbout，自然要看当前目录下的这个文件判断xtb运行情况

作者
Author: xinxin19 时间: 2026-3-2 13:35

sobereva 发表于 2026-2-28 22:59
一定要有根据提示判断问题的能力
提示里写了Running: xtb mol.xyz --chrg 1 --uhf 0 --grad > xtbout， ...

嗯嗯，感谢社长解答！明白了，应该找到xtbout文件再分析，谢谢！

作者
Author: xinxin19 时间: 2026-3-2 13:38

wzkchem5 发表于 2026-2-28 12:11
你上传的根本不是xtb的输出文件。输出文件里面那么大的字写的Gaussian，怎么可能是xtb输出文件
检查是否 ...

嗯嗯，谢谢老师，我知道啦，我问的问题太小白了，经过查找，找到xtbout文件了，之前没找到是因为脚本中有一条命令将生成的xtbout删掉了，再次谢谢！

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