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标题: 求助haddock3或其他工具做抗原抗体对接或蛋白质对接的问题 [打印本页]

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Author: @holly 时间: 6 hour ago
标题: 求助haddock3或其他工具做抗原抗体对接或蛋白质对接的问题
主要问题如下：
1、对接时约束了红色区域的残基为抗原的活性残基，对接的最佳结果确实有红色区域残基与CDR区域存在互作，但是周围结构的其他非红色区域的氨基酸残基与抗体也有明显的相互作用氢键，这属于正常现象吗？
2、如图最下方所见，抗体的非CDR区域与抗原的其他三级结构域存在相互作用的残基，这种现象合理吗？
(图片是用haddock3约束对接的最佳结果：绿色是抗原，抗原中红色部分通过合成的的方法，证明这一片段主要与抗体发生反应；深蓝色和青绿色是抗体的Fv端，黄色和橙色是标记的抗体CDR区域。)
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