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标题: （已更新）linux 集群无法调用cubegen 绘制MO， cube 文件空白 [打印本页]

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Author: LGC020305 时间: 2017-5-12 06:00
标题: （已更新）linux 集群无法调用cubegen 绘制MO， cube 文件空白
本帖最后由 LGC020305 于 2017-5-13 01:09 编辑

任务(opt+freq)是在linux HPC集群上完成的，想看一下MO, 结果出问题了第一步：formchk 产生1.fchk，命令如下--正常
/public/apps/gaussian/g09/formchk 1.chk 1.fchk
第二步，cubegen --出问题了, 命令如下，110.mo.cube 打开是空白。。。。
/public/apps/gaussian/g09/cubegen 0 mo=110 1.fchk 110.mo.cube -2 h
试了一下density，结果density.cube 打开也是空白
/public/apps/gaussian/g09/cubegen 0 density=scf 1.fchk density.cube -2 h

求助大仙。。。

update 05-12-17问题找到了，打开.cube 的软件出问题了
linux HPC集群命令都正确
1. formchk 1.chk 1.fchk
/public/apps/gaussian/g09/formchk 1.chk 1.fchk
2. cubegen MO
/public/apps/gaussian/g09/cubegen 0 mo=110 1.fchk 110.mo.cube -2 h
3.cubegen spin
/public/apps/gaussian/g09/cubegen 0 spin=scf 1.fchk spin.cube -2 h

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-12 06:36
用multiwfn多好，速度比cubegen快得多，对大体系快两个数量级以上，还方便得多
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269

作者
Author: LGC020305 时间: 2017-5-12 10:10
本帖最后由 LGC020305 于 2017-5-13 01:02 编辑

sobereva 发表于 2017-5-12 06:36
用multiwfn多好，速度比cubegen快得多，对大体系快两个数量级以上，还方便得多
使用Multiwfn观看分子轨道
...

感谢sob老师的解答。Multiwfn一直有在用
顺便问一下，Multiwfn能做3D的spin density图吗？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-5-12 10:44

LGC020305 发表于 2017-5-12 10:10
感谢sob老师的解答。Multiwfn一直有在用
顺便问一下，Multiwfn能做3D的spin density图吗？
然后Linux ...

(, 下载次数 Times of downloads: 53)

作者
Author: LGC020305 时间: 2017-5-12 22:17

冰释之川发表于 2017-5-12 10:44

谢谢大侠回复

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-13 11:35

LGC020305 发表于 2017-5-12 10:10
感谢sob老师的解答。Multiwfn一直有在用
顺便问一下，Multiwfn能做3D的spin density图吗？

更详细的看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353

作者
Author: 安衎然 时间: 2017-7-23 17:35
下午好，向大家请教两个问题：
1.溶剂条件下优化构型，可以以气相条件下已经优化好了的构型作为初猜么？
2.请问如何得到溶剂条件下分子的能隙呢？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-7-23 17:49

安衎然发表于 2017-7-23 17:35
下午好，向大家请教两个问题：
1.溶剂条件下优化构型，可以以气相条件下已经优化好了的构型作为初猜么？
...

1. 可以

2. 如果你是指HOMO-LUMO gap，优化完把fchk文件拖到Multiwfn里就能看到

作者
Author: 安衎然 时间: 2017-7-24 15:58

冰释之川发表于 2017-7-23 17:49
1. 可以

2. 如果你是指HOMO-LUMO gap，优化完把fchk文件拖到Multiwfn里就能看到

恩恩，谢谢啦

另外，请问自定义溶剂时，溶剂的性质是空一行写在坐标的后面还是空一行写在命令的后面呢？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-7-24 16:11

安衎然发表于 2017-7-24 15:58
恩恩，谢谢啦
另外，请问自定义溶剂时，溶剂的性质是空一行写在坐标的后面还是空一行写在命令的后面 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 55)

作者
Author: 安衎然 时间: 2017-7-25 19:24

冰释之川发表于 2017-7-24 16:11

非常感谢

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