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标题: 如何找到合适的xtb动力学模拟参数？ [打印本页]

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Author: Jiang127127 时间: 4 hour ago
标题: 如何找到合适的xtb动力学模拟参数？
想要对分子进行构象搜索，搜索出来的构象用于描述符提取，请问应该如何确定搜索到的构象够全面了？
在阅读Sob老师的帖子：使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社
疑惑对于自己的体系怎么设置xtb的MD任务的文件md.inp呢？dump= 50.0，step= 1.0是常用的，模拟的总时间(ps)需要根据自己体系去改动，请问是看什么结果参数就可以确定自己选的模拟的总时间是合适的呢？找到构象的最低能量在一定范围内就可以接受吗？我想要进行构象搜索的分子结构如图片所示：
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请问老师是怎么确定自己选的模拟的总时间是合适的呢？

作者
Author: Stardust0831 时间: 1 hour ago
这里可以自由旋转的单键都不算很多，或许可以试试看这两个方法：《gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具》《将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索》
这样就省得跑动力学了，方便很多，而且对势能面采样得较为均匀全面，不容易漏掉极小点。不会像高温动力学模拟那样依赖参数和初始构象。

作者
Author: Jiang127127 时间: 16 min ago

Stardust0831 发表于 2026-3-3 14:12
这里可以自由旋转的单键都不算很多，或许可以试试看这两个方法：《gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工 ...

谢谢老师！我的分子较多，也有环状分子，不太适合这两张方法。

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