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标题: g09优化结构不收敛 [打印本页]

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Author: gchen001 时间: 2017-5-12 11:43
标题: g09优化结构不收敛
各位量化大神，大家好。这个体系是一个酶的活性位点和CO2，体系含有83个原子，有3个组氨酸和一个羟基配位Zn离子。我尝试过HF,AM1,B3LYP等方法,3-21G,6-31+G(d,p)等基组，均无法收敛，有时候报错提示原子在一个平面上，有时候是convergence failure。可能是体系的初始构象的问题，但初始构象是根据文献进行简单修改的，理论上这个构象是优化过的，我现在怀疑是体系电荷数和自旋多重度设置的问题，但我不知道应该怎么修改，尤其是对这种配位结构，不知道设置成“-3 2”是否合理。还是要调整一下分子结构？不知道要调整哪些键和角度。

恳请大家帮我这个菜鸟看一下。在此谢过。
**********************************************************
%chk=opt
# HF/3-21G opt freq SCF=vshift=300

test

-3 2
C 6.649676 -1.546154 -2.505223
C 5.579919 -1.671723 -1.505423
N 5.737362 -2.320374 -0.304022
C 4.284375 -1.233410 -1.492769
C 4.581250 -2.264790 0.386245
N 3.687778 -1.603226 -0.317812
C 1.683085 3.985697 -2.051810
C 1.398317 2.573628 -1.744867
N 0.131428 2.065565 -1.791843
C 2.212005 1.539733 -1.361353
C 0.188693 0.786702 -1.430518
N 1.443583 0.418395 -1.164027
C -2.709443 5.250499 -0.200779
C -2.039293 3.947238 -0.507122
O -1.858163 3.116254 0.424383
O -1.695043 3.775503 -1.718841
C 4.489793 1.010769 1.540255
C 3.072536 1.328608 1.786789
N 2.073601 0.383922 1.695320
C 2.500707 2.521606 2.130161
C 0.923202 0.992311 1.970360
N 1.154435 2.280621 2.237569
N -3.934767 -1.449317 2.231686
C -4.519287 -0.699228 1.145632
C -4.406522 -1.452552 -0.167428
O -4.899403 -1.026221 -1.209218
C -4.007316 0.726234 0.910875
O -2.688211 0.658281 0.369678
C -4.024872 1.543776 2.171708
N -3.687696 -2.587658 -0.075590
C -3.507497 -3.436908 -1.198132
C -3.491775 -4.864551 -0.778913
O -3.641596 -5.243088 0.360131
C -2.213541 -3.162890 -1.990395
O -1.095918 -3.661309 -1.307199
C -2.098371 -1.704801 -2.323549
Zn 1.851127 -0.981002 0.173321
O -1.217731 -0.857047 1.839824
H -3.693466 5.268215 -0.702360
H -2.128173 6.088393 -0.622197
H -4.670609 1.169664 0.140344
H -5.054282 1.645500 2.564392
H -3.613851 2.551634 1.979493
H -3.401150 1.055928 2.945265
H -2.310288 1.613630 0.322450
H -5.606996 -0.601139 1.332738
H -2.899650 -1.317988 2.297512
H -2.297553 -3.754043 -2.928967
H -2.125601 -1.107191 -1.391636
H -1.153258 -1.514370 -2.863399
H -2.952107 -1.353265 -2.928277
H -0.642952 -2.951633 -0.753403
H -4.356280 -3.267255 -1.902502
H -3.551545 -2.944677 0.890459
H 6.281303 -0.980772 -3.375952
H 6.993901 -2.530295 -2.873229
H 6.593541 -2.788707 0.008918
H 3.731911 -0.677033 -2.254090
H 4.418570 -2.686310 1.379125
H 2.687931 4.270156 -1.697073
H 0.937563 4.646110 -1.571620
H -0.812131 2.764264 -1.825491
H 3.290400 1.542936 -1.181781
H -0.688267 0.143839 -1.328946
H 4.815571 0.145381 2.147567
H 4.670852 0.746368 0.478800
H 2.938708 3.502150 2.311394
H -0.053864 0.446338 2.009528
H 0.405870 2.968404 2.384947
H -0.660344 -1.520000 1.306349
H -1.753772 -0.305536 1.165276
O 0.474978 -2.252070 0.377808
H 0.787382 -3.119213 0.711873
C 1.897804 -1.880613 3.417893
O 1.158209 -1.278408 4.082832
O 2.655898 -2.503642 2.772754
H 7.529473 -1.005649 -2.109142
H 1.631990 4.191012 -3.137380
H 5.135058 1.868351 1.793261
H -2.852764 5.380935 0.882298
H -3.298449 -5.589165 -1.616714
H -4.365989 -1.219331 3.133780

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-5-12 12:07
本帖最后由冰释之川于 2017-5-12 12:09 编辑

《解决SCF不收敛问题的方法》http://sobereva.com/61
《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》http://sobereva.com/164
原子在一个平面上的报错，用opt=cartesian

作者
Author: ggdh 时间: 2017-5-12 12:14
本帖最后由 ggdh 于 2017-5-12 12:17 编辑

你这个体系，我看了半天都感觉是中性的。不知道你的这个-3的电荷是怎么来的直接改成0 1 算吧
另外这种空间作用多的体系需要加上empiricaldispersion=gd3bj算

作者
Author: gchen001 时间: 2017-5-12 14:18

ggdh 发表于 2017-5-12 12:14
你这个体系，我看了半天都感觉是中性的。不知道你的这个-3的电荷是怎么来的直接改成0 1 算吧
另外这种空间 ...

谢谢老师，Zn是+2，四个配位都是-1，还有一个COO-, 所以是-3？

作者
Author: gchen001 时间: 2017-5-12 14:19

冰释之川发表于 2017-5-12 12:07
《解决SCF不收敛问题的方法》http://sobereva.com/61
《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》http: ...

谢谢，我看看。

作者
Author: gchen001 时间: 2017-5-12 15:46

冰释之川发表于 2017-5-12 12:07
《解决SCF不收敛问题的方法》http://sobereva.com/61
《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》http: ...

您好，能否帮我看下整个体系配合物的电荷情况，我不太懂。或者有没有类似的参考书需要看？

作者
Author: ggdh 时间: 2017-5-12 16:57

gchen001 发表于 2017-5-12 14:18
谢谢老师，Zn是+2，四个配位都是-1，还有一个COO-, 所以是-3？

其中3个配体是组氨酸。中性的。不信可以自行google

作者
Author: gchen001 时间: 2017-5-12 23:34

ggdh 发表于 2017-5-12 16:57
其中3个配体是组氨酸。中性的。不信可以自行google

谢谢，我查了一下，确实是这样的，抱歉那么低级的问题拉低整个论坛的水平了。。。谢谢！

作者
Author: gchen001 时间: 2017-5-14 00:53
问题已解决，谢谢各位！体系是中性的，没有静电荷。优化已经收敛。

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