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标题: 请教slab模型的高温AIMD的周期性设置和模拟参数 [打印本页]

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Author: 白菜 时间: 3 hour ago
标题: 请教slab模型的高温AIMD的周期性设置和模拟参数
本帖最后由白菜于 2026-3-3 20:33 编辑

老师们好，想请教关于AIMD的初始模型、周期性设置和模拟条件设置是否得当，谢谢老师们~~
背景：实验是用NHC-CO2（1,3-取代基-咪唑-2-羧酸盐，氮杂环卡宾与二氧化碳的加合物）包覆在高氯酸铵（AP）颗粒表面，热分析显示加了DMe后AP的分解峰温降低。猜测在加热时，DMe在100多℃脱去CO2，生成NHC（N-杂环卡宾），NHC再进一步促进AP分解。上述包覆为：将DMe完全溶于A溶剂，然后倒入AP（微溶于A溶剂），研磨后真空去除A溶剂.
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计算目的：用CP2K做AIMD，在PBE-D3(BJ)/DZVP-MOLOPT-SR-GTH水平下模拟DMe促进AP热分解的微观过程。
拟计算体系：选择了AP的两个主要的晶面(100)和(210)。分别算两个晶面的slab和它们上方放1个DMe分子（DMe的尺寸大概是5埃*6埃*1.75埃）。
我的不确定，翻完了论坛的相关帖子还是没准数： 1. 我的计算情况，是否适用slab模型？搭建slab模型步骤如下：
用pymatgen软件包中的SlabGenerator模块进行自动切面。切面参数设置为：最小slab厚度15 Å，最小真空层厚度20 Å，slab居中放置于模拟盒子中，真空层沿表面法线方向（c轴）均匀分布于slab两侧。
同时①要求slab中N:Cl = 1:1、O:Cl = 4:1、H:N = 4:1；②将slab沿c轴等分为上下两部分，分别统计NH₄⁺与ClO₄⁻的数量，要求上下两半的净电荷相等，以避免产生宏观偶极矩；③用Gram-Schmidt正交化方法转换为正交盒子。
最终模型如后图，对于AP+DMe体系，之后计划在上表面放1个或者3个DMe分子。这样建模不知道是否科学恰当？
2. 设为三维周期性且PSOLVER用PERIDIC，对于所有体系都不加偶极校正。这样设置合适吗？
3. 先用步长1fs、298.15K跑2ps的NVT，然后步长0.2fs、500K跑10ps观察，最后步长0.2fs、3000K跑几十ps。请问老师们这样模拟恰当吗？
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