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标题: 固液体系 能量最小化时报错 [打印本页]

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云月有期    时间: 5 hour ago
标题: 固液体系 能量最小化时报错
诸位大佬好 鄙人做了一个固液体系 底部是无机晶面 1440个原子 上面的液体体系时有机酸溶液(包括水分子 使用opc3模型 草酸根 草酸氢根 和水合氢离子)在进行能量最小化时出现了如下错误
Fatal error:
There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type
consisting of 1440 atoms. The longest distance involved in such interactions
is 2.017 nm which is above half the box length. Either you have excessively
large distances between atoms in bonded interactions or your system is
exploding.   

根据这个错误 我首先检查了我得top文件和gro文件的原子对应问题  扩大了盒子(但并没有增加体系分子数目)但依然存在这个问题 希望能得到各位大佬的宝贵见解





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