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标题: 在集群上安装cp2k-2026.1和cp2k-2024.1，出现报错 [打印本页]

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Author: Ying_Zhang 时间: 5 day ago
标题: 在集群上安装cp2k-2026.1和cp2k-2024.1，出现报错
本帖最后由 Ying_Zhang 于 2026-3-5 17:49 编辑

1.首先采用sob老师的方法，编译了cp2k-2026.1版本，在集群加载了该compllier，

module load compilers/gnu/13.2

复制代码

然后继续编译，一切都很顺利，但是最后输入该命令

cp2k.psmp -v

复制代码

查看cp2k编译后的相关版本，出现如下信息如图1，尝试提交任务出现图2报错。

查了chatGPT以后，采用如下命令可以正常运行

mpirun --mca mtl ^ofi --mca pml ob1 --mca btl self,vader,tcp -np $SLURM_NTASKS cp2k.psmp -i $INPUT_FILE -o $OUTPUT_FILE

复制代码

所以一直拿这个命令提及任务，但是查了发现该命令只能采用传统TCP运行，会降低计算速度。查了该报错原因是因为Toolchain的OpenMPI 5.0.9，而集群的libfabric version (1.7) 过低，所以不能采用OFI。联系管理员，他说这个不容易升级，要和别的管理员讨论。然后重新编译--with-openmpi=install改成--with-openmpi=system，降低OpenMPI的版本到4.x，去匹配集群的低版本libfabric。结果报错更多，还不能运行计算。所以想问一下，除了升级libfabric，还有别的解决方法吗，主要是想使用高速的CP2K计算，目前使用的TCP，估计会降低计算速率。
2. 基于上述问题，我又重新编译一版自身低OpenMPI版本的CP2K，cp2k-2024.1。加载

module load compilers/gnu/11.1

复制代码

然后编译，最后也输入

cp2k.psmp -v

复制代码

但是出现该报错，也如图3。

By default, for Open MPI 4.0 and later, infiniband ports on a device are not used by default. The intent is to use UCX for these devices. You can override this policy by setting the btl_openib_allow_ib MCA parameter to true. Local host: strand-fe2 Local adapter: hfi1_0 Local port: 1

WARNING: There was an error initializing an OpenFabrics device. Local host: strand-fe2 Local device: hfi1_0

想请问一下，上述两个问题如何其中一个，感谢。

作者
Author: UW_0728. 时间: 5 day ago
关于2024.1的，那个是提示+警告，不是报错。如果实际跑CP2K任务可以顺利完成就可以

作者
Author: Ying_Zhang 时间: 4 day ago
本帖最后由 Ying_Zhang 于 2026-3-6 00:03 编辑

UW_0728. 发表于 2026-3-5 23:20
关于2024.1的，那个是提示+警告，不是报错。如果实际跑CP2K任务可以顺利完成就可以

感谢老师回答。老师，我2024版本，采用下列命令运行：

ulimit -s unlimited
# Initialize modules and load modules
module load compilers/gnu/11.1.1
source /gpfs/home/zhangy10/Software/cp2k-2024.1/tools/toolchain/install/setup
export PATH=$PATH:/gpfs/home/zhangy10/Software/cp2k-2024.1/exe/local
export OMP_NUM_THREADS=1
# Run the calculation
INPUT_FILE=$1
OUTPUT_FILE="${INPUT_FILE%.*}.out"
mpirun -np $SLURM_NTASKS cp2k.psmp -i $INPUT_FILE -o $OUTPUT_FILE
exit

复制代码

如果只采用1个节点，可以运行，但是有warning。
但是如果采用2个节点，不能运行，有如下warning和error，详细的在文件中。

如果采用多节点，是无法运行的。

作者
Author: UW_0728. 时间: 4 day ago
那我感觉也许建个Docker容器，在容器内安装CP2K，也许能够解决这种问题（因为隔离了系统环境）？论坛上有相关文章，可以看一看

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Author: Ying_Zhang 时间: 4 day ago

UW_0728. 发表于 2026-3-6 02:29
那我感觉也许建个Docker容器，在容器内安装CP2K，也许能够解决这种问题（因为隔离了系统环境）？论坛上有相 ...

哦哦好的老师，我已经查到了，想顺便问一下，安装docker在集群上，不需要管理员permission或者和集群那边沟通一些权限吧感谢老师

作者
Author: UW_0728. 时间: 4 day ago

Ying_Zhang 发表于 2026-3-6 03:13
哦哦好的老师，我已经查到了，想顺便问一下，安装docker在集群上，不需要管理员permission或者和集群那 ...

好像需要。想避免root权限也可以用podman，二者差异不是很大（本质都是容器）

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 4 day ago

Ying_Zhang 发表于 2026-3-6 03:13
哦哦好的老师，我已经查到了，想顺便问一下，安装docker在集群上，不需要管理员permission或者和集群那 ...

集群上的话，一般用singularity/Apptainer或Charliecloud较合适，当然有时候还要看管理员（工程师）愿不愿意帮忙。

作者
Author: Ying_Zhang 时间: 4 day ago

Daniel_Arndt 发表于 2026-3-6 10:16
集群上的话，一般用singularity/Apptainer或Charliecloud较合适，当然有时候还要看管理员（工程师）愿不 ...

是的我会尝试一下感谢老师建议自从安装这个经常问管理员他们

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