计算化学公社

标题: AIM分析和RDG分析判断氢键是否存在的标准为什么不一样？ [打印本页]

作者
Author: C41014007 时间: 2017-5-12 16:32
标题: AIM分析和RDG分析判断氢键是否存在的标准为什么不一样？
在RDG分析中，当-0.05a.u.<sign(λ2)ρ<-0.005a.u.时，认为属于氢键作用。但在AIM分析中，当r(rBCP)=0.002~0.04a.u.时，认为属于氢键作用。这两个范围不一致，是因为在AIM分析中对于氢键的判别标准太严格了吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-13 12:05
RDG里和AIM框架里都没有明确说明rho在什么范围才算氢键作用，本来氢键就是个强度问题，一刀切说有没有显然是不合适的。
就算你用Lipkowski提出的氢键判断标准，其中一条规则是rho在0.002~0.04a.u.之间，那也是比你列的那个所谓的RDG标准更松而不是更严。而且Lipkowski的标准也仅仅适合是对X-H----O (X=C,N,O)型氢键定义的。

作者
Author: kevin 时间: 2017-5-14 09:37

sobereva 发表于 2017-5-13 12:05
RDG里和AIM框架里都没有明确说明rho在什么范围才算氢键作用，本来氢键就是个强度问题，一刀切说有没有显然 ...

请问sob老师，都有哪些氢键判断标准呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-14 23:36

kevin 发表于 2017-5-14 09:37
请问sob老师，都有哪些氢键判断标准呢？

所谓的“有无”判断标准常用的就是Lipkowski那个，那是更老的poplier判断标准的简化

至于强弱程度的判断，RDG、AIM、范德华表面穿透程度、静电势分析、IQA等等分析方法多了去了，这里谈到很多
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

作者
Author: 夜千 时间: 2020-6-23 16:09
本帖最后由夜千于 2020-6-23 16:19 编辑

sobereva 发表于 2017-5-14 23:36
所谓的“有无”判断标准常用的就是Lipkowski那个，那是更老的poplier判断标准的简化

至于强弱程度的 ...

请问老师，非X-H……O结构也可以借用Lipkowski标准吗，我的结构是C-H……F。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-24 16:31

夜千发表于 2020-6-23 16:09
请问老师，非X-H……O结构也可以借用Lipkowski标准吗，我的结构是C-H……F。

只能用于X-H∙∙∙O (X=C,N,O)
其它情况用我提出的这种方法估计作用能，特别弱的就忽略掉
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

作者
Author: 夜千 时间: 2020-6-26 14:56

sobereva 发表于 2020-6-24 16:31
只能用于X-H∙∙∙O (X=C,N,O)
其它情况用我提出的这种方法估计作用能，特别弱的就忽略 ...

sob老师，我这个HF之间的相互作用，根据RDG等值面图分析，是范德华力，AIM结果，根据您522这篇文章，是非常微弱的氢键，键能小于2.5，根据Rozas标准，是中等强度氢键，根据您的ppt上的总结，是电荷转移或者配位键，请问这个该怎么讨论啊

作者
Author: 辣椒丛中水果糖 时间: 2020-6-26 19:06

夜千发表于 2020-6-26 14:56
sob老师，我这个HF之间的相互作用，根据RDG等值面图分析，是范德华力，AIM结果，根据您522这篇文章，是非 ...

氢键的本质是什么？根据513的文献，非常微弱的氢键是由色散力+静电力组成。范德华力的本质是什么？是由色散主导的相互作用+交换互斥。
根据作用能量大小的不同+不同类型主导来对这些作用命名、理解。没必要对一个相互作用纠结叫什么名字。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-27 01:07

夜千发表于 2020-6-26 14:56
sob老师，我这个HF之间的相互作用，根据RDG等值面图分析，是范德华力，AIM结果，根据您522这篇文章，是非 ...

别管其它标准
C-H……F这种作用一看就不可能是中等强度氢键

作者
Author: SSSjjjiao 时间: 2020-11-16 14:45

sobereva 发表于 2020-6-27 01:07
别管其它标准
C-H……F这种作用一看就不可能是中等强度氢键

老师我的氢键是NH-O但是ρ=0.053a.u. ∇2ρ=0.15 这还属于氢键吗还能用判断 ∇2ρ和H来定性判断是强氢键还是弱氢键吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-17 04:38

SSSjjjiao 发表于 2020-11-16 14:45
老师我的氢键是NH-O但是ρ=0.053a.u. ∇2ρ=0.15 这还属于氢键吗还能用判断 ∇2ρ和H来定性 ...

显然属于氢键
具体强度多大按此文的方法能直接估计
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

作者
Author: SSSjjjiao 时间: 2020-11-17 15:47

sobereva 发表于 2020-11-17 04:38
显然属于氢键
具体强度多大按此文的方法能直接估计
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇20 ...

老师我觉得这篇文章对我的体系蛮实用的我想引用这种氢键的分类有什么名字来形容吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-18 02:40

SSSjjjiao 发表于 2020-11-17 15:47
老师我觉得这篇文章对我的体系蛮实用的我想引用这种氢键的分类有什么名字来形容吗

叫Emamian-Lu分类吧，取通讯作者的姓的组合

作者
Author: SSSjjjiao 时间: 2020-11-18 14:23

sobereva 发表于 2020-11-18 02:40
叫Emamian-Lu分类吧，取通讯作者的姓的组合

好的！
祝好

作者
Author: SSSjjjiao 时间: 2020-11-18 15:07

sobereva 发表于 2020-11-18 02:40
叫Emamian-Lu分类吧，取通讯作者的姓的组合

老师，我想问一下：
我的体系IGM分析时，有CH-pi ,pi-pi, lp-pi 等相互作用，但是AIM分析的时候这种又相互作用的地方也产生很多BCPs ,这写BCP有意义吗（电子密度啥的，binding energy 还能用那个拟合公式吗）
我觉得是不能的，所以我对氢键作用的用AIM去表述，再用IGM去补充表述pi 相互作用，但是AIM产生的那些键径会不会让审稿人困惑，要人为p掉吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-19 05:36

SSSjjjiao 发表于 2020-11-18 15:07
老师，我想问一下：
我的体系IGM分析时，有CH-pi ,pi-pi, lp-pi 等相互作用，但是AIM分析的时候这种又相 ...

那个公式只适用于普通氢键

有对应pi作用的键径并没什么问题。比如此文里RDG图和pi-pi的键径图一起给出
全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
http://sobereva.com/572（http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1.html）
倘若你确实不需要对应pi的键径和BCP，也不需要自行ps，可以搜索完了再用Multiwfn里的选项删掉它们，或者你可以只搜索对应氢键的BCP，选项1 Search CPs from given starting points里可以指定以两个原子间的中点为初猜搜索CP。

作者
Author: chenchen0119 时间: 2021-11-15 15:58
本帖最后由 chenchen0119 于 2021-11-15 16:48 编辑

sob老师，AIM计算，我的氢键是O-H...O但是ρ=0.045-0.068a.u. ∇2ρ=0. 15-0.21,这还属于氢键吗？有什么论据没有，您的那篇论文我没有找到相关依据

作者
Author: 虎王 时间: 2021-11-17 15:51

kevin 发表于 2017-5-14 09:37
请问sob老师，都有哪些氢键判断标准呢？

本质上是判断有没作用以及作用强弱。氢键不是像共价作用、静电作用、色散作用这样的基本作用，程序应该不能直接判断有没氢键。应该是判断某处有足够强的吸引，然后人们根据结构特点判定是氢键还是pi-pi堆积之类的。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-3 04:20

chenchen0119 发表于 2021-11-15 15:58
sob老师，AIM计算，我的氢键是O-H...O但是ρ=0.045-0.068a.u. ∇2ρ=0. 15-0.21,这还属于氢键吗？有 ...

有什么理由不是氢键？你都知道这是O-H...O典型的氢键结构特征，而且BCP电子密度还那么大，不是氢键是什么？通过下文方法都可以估计出来这个氢键强度已经算是挺强的了
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

研究问题不要太教条。有基本化学常识就能很准确判断的东西完全没必要非要找别人提出的什么判据、标准来支持

以后如果想让我回复，点击我回帖下面的回复按钮，否则我收不到提示

作者
Author: chenchen0119 时间: 2022-3-2 15:29

sobereva 发表于 2021-12-3 04:20
有什么理由不是氢键？你都知道这是O-H...O典型的氢键结构特征，而且BCP电子密度还那么大，不是氢键是什么 ...

好的，感谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)