计算化学公社

标题: 求助在CP2K上进行Mg原子的空位路径的CI-NEB计算难收敛 [打印本页]

作者
Author: Ying_Zhang 时间: 2026-3-5 18:59
标题: 求助在CP2K上进行Mg原子的空位路径的CI-NEB计算难收敛
之前发过帖子，在CP2K上跑不了NEB计算，每个点一直在Step0做SCF计算，始终都不进入Step1。最后按照相关帖子，增加插入NEB点数，可以顺利跑起来。但是，跑了300步，计算都没收敛，选取其中一个NEB点，Step 1是，如下：

*******************************************************************************
RMS DISPLACEMENT = 0.03060    [ 0.00010]                            ( NO)
MAX DISPLACEMENT = 0.49128    [ 0.00020]                            ( NO)
RMS FORCE       = 0.00592    [ 0.00030]                            ( NO)
MAX FORCE       = 0.12813    [ 0.00045]                            ( NO)
*******************************************************************************

Step 300时，如下：

*******************************************************************************
RMS DISPLACEMENT = 0.00129    [ 0.00010]                            ( NO)
MAX DISPLACEMENT = 0.02218    [ 0.00020]                            ( NO)
RMS FORCE       = 0.00153    [ 0.00030]                            ( NO)
MAX FORCE       = 0.02945    [ 0.00045]                            ( NO)
*******************************************************************************

体系就是简单的Mg和Bi的化合物，作Mg原子的空位路径的NEB计算，看过渡态能量和空位路径。下列是输入文件及输出文件，和某一个NEB点的Band文件。请问如何修改能快速收敛，且达到收敛限。如果目前CI-NEB计算的结果，没达到收敛限，是否可以那该结果进行dimer计算，因为发现dimer可以使用CG，

大概可以更好地收敛。感谢大家，帮忙解决！

作者
Author: kaikai 时间: 2026-3-6 09:48
1，计算尝试开OT
2，你后面使用的计算核数是副本数*进程数达到了384，这个你是使用的超算吗？有那麽多的核数吗？

作者
Author: Ying_Zhang 时间: 2026-3-6 16:32

kaikai 发表于 2026-3-6 09:48
1，计算尝试开OT
2，你后面使用的计算核数是副本数*进程数达到了384，这个你是使用的超算吗？有那麽多的核 ...

哦哦好的谢谢老师建议我会尝试一下OT 是的是我们所里的集群最大额度一个任务可以用20个字节（48核）

作者
Author: Ying_Zhang 时间: 2026-3-6 16:34

kaikai 发表于 2026-3-6 09:48
1，计算尝试开OT
2，你后面使用的计算核数是副本数*进程数达到了384，这个你是使用的超算吗？有那麽多的核 ...

那老师建议拿现在跑了300步的CI-NEB结构再跑Dimer吗

作者
Author: northern_mar 时间: 2026-3-7 10:42
我拿你的能量文件做了一下图，最高点很接近过渡态了。看起来只是曲线后端（图1）对误差的影响过大，可能还存在一个中间体。你可以找后面两个红色圈圈（图1）里的结构再做一次结构优化，以它为末态，加上前面已经优化好的点作为过渡态初猜再做一次CINEB。
我之前做CINEB也遇到这种情况（如图2），其原因是没找到基元反应，就是用这个办法解决的。

作者
Author: Ying_Zhang 时间: 2026-3-7 22:43

northern_mar 发表于 2026-3-7 10:42
我拿你的能量文件做了一下图，最高点很接近过渡态了。看起来只是曲线后端（图1）对误差的影响过大，可能还 ...

哦哦好的感谢老师光想着没收敛忘了画图看一下能量趋势
想麻烦老师，再问老师两个问题：
1）您帮忙画的两个圆圈做完结构优化后，以此为末态再进行CINEB计算，最后得到过渡态。请问结果分析时，用不用再加上圆圈后面的，我第一次计算CINEB的点？
2）您认为有必要，再做一次dimer计算进行refine吗？
再次感谢老师回复

作者
Author: northern_mar 时间: 2026-3-8 08:35

Ying_Zhang 发表于 2026-3-7 22:43
哦哦好的感谢老师光想着没收敛忘了画图看一下能量趋势
想麻烦老师，再问老师两个问题：
1）您帮忙 ...

1. 不需要的，你可以理解为后面那些点都不是要走的路
2. 做个振动分析有且仅有一个虚频就不需要了，dimer是在没办法+过渡态方向清晰的时候才用的

作者
Author: Ying_Zhang 时间: 2026-3-9 17:09

northern_mar 发表于 2026-3-8 08:35
1. 不需要的，你可以理解为后面那些点都不是要走的路
2. 做个振动分析有且仅有一个虚频就不需要了，dime ...

哦哦好的感谢老师指导

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)