计算化学公社

标题: 请教如何使用Gaussian计算酶和底物的过渡态结构搜索 [打印本页]

作者
Author: YuniJ 时间: 2026-3-6 14:57
标题: 请教如何使用Gaussian计算酶和底物的过渡态结构搜索
背景：我想看Gromacs进行的100ns酶和底物轨迹中，有多少帧近似过渡态
问题：通过Gaussian对酶和底物模型进行过渡态结构搜索的具体操作是什么？
十分感谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-7 06:13
有大量ONIOM(QM:MM)做这种过渡态搜索的文章，google学术搜索，以及看http://bbs.keinsci.com/thread-942-1-1.html

也很适合用簇模型计算，参考下文和里面提到的综述
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

如果是Gaussian找过渡态都不能熟练使用的阶段，需要先把这方面玩转，北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KEQC）和更深入的北京科音中级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KBQC）里面有十分详细的找过渡态的方法和技巧讲解，以及巨量的例子用来培养感觉。学完之后就自然知道怎么用簇模型计算，中级量子化学培训班里还专门有很详细的做ONIOM计算的讲解和示例。

作者
Author: YuniJ 时间: 2026-3-8 09:48

sobereva 发表于 2026-3-7 06:13
有大量ONIOM(QM:MM)做这种过渡态搜索的文章，google学术搜索，以及看http://bbs.keinsci.com/thread-942-1- ...

谢谢老师！

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