计算化学公社

标题: 如何判断加氢和不加氢情况得到的分子轨道是同一个轨道？ [打印本页]

作者
Author: 大源 时间: 2026-3-6 20:22
标题: 如何判断加氢和不加氢情况得到的分子轨道是同一个轨道？
老师，我想问一个问题，就算我想比较两种结构，一种是没有加氢优化出来的一种团簇结构，另一种加上两个氢原子优化得到的团簇结构，我想比较两个分子轨道加氢与未加氢原子的团簇的一个分子轨道是同一个轨道，并没有因为加上氢原子而改变，除了看轨道成分，还可以看其他分析方法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-7 05:49
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “分子轨道分析” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-7 05:53
加不加氢不是同一个体系，从这点上就不可能有完全相同的分子轨道
如果从基本特点上判断是否算同一个轨道，肉眼观看轨道等值面图通常就够了。如果需要更进一步细致的说明，可以用Multiwfn做轨道成分分析，看下文
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131

也可以用Multiwfn直接对两个计算得到的轨道做对应性分析，可以直接告诉你一个波函数文件里的轨道是如何由另一个波函数文件里的轨道线性组合产生、贡献是多少，看Multiwfn手册3.200.6节的功能介绍和4.200.6节的例子。注意对当前问题用这个功能前需要先把两个体系相同的区域做对齐（align）后再计算轨道波函数，并且计算时如果用Gaussian程序应当加上nosymm关键词免得自动调整到标准朝向

作者
Author: 大源 时间: 2026-3-7 09:50

sobereva 发表于 2026-3-7 05:49
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的，我记住了老师，下次会注意的

作者
Author: 大源 时间: 2026-3-7 09:54

sobereva 发表于 2026-3-7 05:53
加不加氢不是同一个体系，从这点上就不可能有完全相同的分子轨道
如果从基本特点上判断是否算同一个轨道， ...

好的，老师，我去尝试一下。

作者
Author: 大源 时间: 2026-5-16 16:52

sobereva 发表于 2026-3-7 05:53
加不加氢不是同一个体系，从这点上就不可能有完全相同的分子轨道
如果从基本特点上判断是否算同一个轨道， ...

老师，我还想问一下如何在gaussview先把两个体系相同的区域做对齐（align）,我已经有两个优化好的结构了

作者
Author: sobereva 时间: 2026-5-17 01:04

大源发表于 2026-5-16 16:52
老师，我还想问一下如何在gaussview先把两个体系相同的区域做对齐（align）,我已经有两个优化好的结构了

gview里实现不了（除非你手动拖动）
应当用VMD
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290（http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html）

作者
Author: 大源 时间: 2026-5-18 11:12

sobereva 发表于 2026-5-17 01:04
gview里实现不了（除非你手动拖动）
应当用VMD
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
...

好的，谢谢sob老师

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