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标题: GOMACS-VMD绘制空间分布函数SDF结果图求教 [打印本页]

作者
Author: 陈大名 时间: yesterday 20:34
标题: GOMACS-VMD绘制空间分布函数SDF结果图求教
各位老师好，我使用了GROMACS做酰胺从水溶液中萃取钼过氧化物的分子动力学模拟，两种分子使用Gaussian进行结构优化和频率计算，再用sobtop生成itp文件，分子动力学模拟过程中1个Mo过氧化物分子冻结在中央，200个酰胺分子和水自由移动，模拟结束后使用VMD 1.9.3D的VolMap Tool绘制酰胺上O原子在Mo过氧化物周围的SDF图，我得到的图O原子在H原子周围呈球形分布，没有形成文献里的平滑曲面，我想请问：
1.这样是否合理？

2.我想要平滑曲面应该怎么设置？
文献图：
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我的结果图
isovalue=0.01
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isovalue=0.0044
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作者
Author: sobereva 时间: 4 hour ago
你先确保动力学轨迹跑得确实没问题，计算sdf之前对轨迹做了align消除了溶质的平动

VolMap Tool里如果用Gaussian函数平滑化时宽度设得太大，会导致等值面偏向于球形，适当调节
文献那样的图，需Gaussian展宽不能太大或者不做展宽，展宽越小尤其是不做展宽时，需要越多的帧数才能得到平滑的等值面

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