计算化学公社

标题: 如何在gromacs中分析化合物的水合动力学 [打印本页]

作者
Author: 流卡瓦 时间: 2026-3-7 16:56
标题: 如何在gromacs中分析化合物的水合动力学
我想实现论文中利用分子动力学解释依克多因的强结合水能力，与甘油和纯水模型进行比较，请教具体应该如何实现，要修改哪些参数。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-9 10:36
用GROMACS跑分子动力学，有机分子用sobtop产生GAFF力场的拓扑文件结合Multiwfn算的RESP2(0.5)原子电荷，水用主流的SPC/E模型。之后对轨迹进行分析，推荐用amIGM：
使用amIGM方法图形化直观展现动态过程中的平均弱相互作用
http://sobereva.com/759（http://bbs.keinsci.com/thread-57317-1-1.html）

还可以分析空间分布函数、对部分MD的帧用VMD观看结构讨论

如果不会用GROMACS的话，推荐通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）完整学习，全过程就一次性都会了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)