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标题: 固液界如何做液体的径向分布函数？ [打印本页]

作者
Author: XYwinne 时间: 2017-5-12 23:44
标题: 固液界如何做液体的径向分布函数？
我做的是固液界面，请问如何做液体的径向分布函数？
我看文献上有做液体对界面上原子的径向分布函数，可是我做出来的很混乱，而且最后不是1.
gmx_mpi rdf -f md_nvt_nopbc.xtc -s md_nvt.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -b 90000 -e 100000 -seltype mol_com
我想计算的是液体分子，而不是原子，所以加了 -seltype mol_com

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-13 13:12
你的做法没错，但是rdf体现的是原子附近球平均化的分布，对于讨论界面体系不算很合适。
明显不如绘制沿着界面法向量的粒子分布，用gmx density命令实现。

作者
Author: mz325 时间: 2017-9-8 04:24
你好，我最近也想做固液表面模拟，但是不太清楚怎么set up体系，请问你可以指点一下吗？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-8 07:46

mz325 发表于 2017-9-8 04:24
你好，我最近也想做固液表面模拟，但是不太清楚怎么set up体系，请问你可以指点一下吗？谢谢

把固体上面扩展出一定大小的真空层，填充液体分子就完了

作者
Author: mz325 时间: 2017-9-26 05:09

sobereva 发表于 2017-9-8 07:46
把固体上面扩展出一定大小的真空层，填充液体分子就完了

谢谢您的回答。可否指点一下如何生成topology file呢？尤其是metal slab 或者mica之类的，原子数目多，还有自由原子。我们对于小分子都是手写topology，遇到这种solid slab，就不能手写了吧？我们组没人有经验，希望您可以教一下。谢谢啦

P. S. Sobereva老师，我看到您的CNT模拟的教程，但是练习的时候说 “No or incorrect atomname2type.n2t file found", 不知道是什么情况。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-27 11:23

mz325 发表于 2017-9-26 05:09
谢谢您的回答。可否指点一下如何生成topology file呢？尤其是metal slab 或者mica之类的，原子数目多，还 ...

金属板这种体系每个原子当做独立的粒子，例如金属团簇+水体系

#include "gromos54a7.ff/forcefield.itp"
#include "gromos54a7.ff/spce.itp"

[ moleculetype ]
; molname nrexcl
AU       1

[ atoms ]
; id at type res nr  residu name at name  cg nr  charge mass
1    AU 1    AU       AU    1    0.0       196.9665

[ system ]
Au_rod

[ molecules ]
AU  41385

其中AU的参数定义已经合并到了forcefield.itp里引入的atomtypes了

第二个问题是程序没找到n2t文件，放的位置不合适或者没写

作者
Author: mz325 时间: 2017-9-27 22:29

sobereva 发表于 2017-9-27 11:23
金属板这种体系每个原子当做独立的粒子，例如金属团簇+水体系

#include "gromos54a7.ff/forcefield. ...

谢谢您。

我把那个n2t文件放在文件夹share/top/gromos54a7.ff 文件夹下面，然后把您给的三行content复制粘贴过去的。不知道这跟版本有没有关系？我用的是gromacs 2016.1 （也是看您的教程安装哒：）

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-27 22:43

mz325 发表于 2017-9-27 22:29
谢谢您。

我把那个n2t文件放在文件夹share/top/gromos54a7.ff 文件夹下面，然后把您给的三行content复 ...

文件名是atomname2type.n2t么？选的力场确实是这个力场么？

作者
Author: mz325 时间: 2017-9-28 00:14
本帖最后由 mz325 于 2017-9-28 09:38 编辑

sobereva 发表于 2017-9-27 22:43
文件名是atomname2type.n2t么？选的力场确实是这个力场么？

我搞定啦！之前是放错了文件夹，应该放到local那个。抱歉啦。

作者
Author: mz325 时间: 2017-10-4 05:42

sobereva 发表于 2017-9-27 11:23
金属板这种体系每个原子当做独立的粒子，例如金属团簇+水体系

#include "gromos54a7.ff/forcefield. ...

Sobereva老师您好，我在别处找到了您“在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程”的教程，试着做了一下真空中金属板的平衡，结束后发现体系确实结实，但原子有稍许移位。所以想问一下，要是把金属板和液体结合起来模拟固液界面液体分子排布，金属板原子移位对其有影响吗？是否需要特别规定固定金属原子？另外固液体系的mdp 文件该怎么处理？以液体的mdp 文件为准吗？

谢谢您啦

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-4 11:53

mz325 发表于 2017-10-4 05:42
Sobereva老师您好，我在别处找到了您“在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程”的教程，试着做了一下真空中金 ...

稍微移位几个没什么关系，而且现实中说不定也会有少许移位。模拟一个平面金属板，表面的金属不会移位的，容易移位的都是边边角角的地方。不用固定，但固定了也没问题。
mdp没有什么特殊的。

作者
Author: mz325 时间: 2017-10-5 22:43

sobereva 发表于 2017-10-4 11:53
稍微移位几个没什么关系，而且现实中说不定也会有少许移位。模拟一个平面金属板，表面的金属不会移位的， ...

好的，谢谢您啦。我现在试着运行一个体系，看最后盒子会成什么样子吧:) 对了，我在固液上方留了vaccum space而且用了pbc。不知道是否应该只在xy方向pbc。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-5 23:26

mz325 发表于 2017-10-5 22:43
好的，谢谢您啦。我现在试着运行一个体系，看最后盒子会成什么样子吧:) 对了，我在固液上方留了vaccum sp ...

如果z方向不用pbc的话，一个麻烦是有可能模拟过程中有分子逸出，越跑越远，导致研究的对象当中分子数目越来越少，还可能逸出的分子坐标最后变得巨大，影响观看和分析。

作者
Author: mz325 时间: 2017-10-7 06:09

sobereva 发表于 2017-10-5 23:26
如果z方向不用pbc的话，一个麻烦是有可能模拟过程中有分子逸出，越跑越远，导致研究的对象当中分子数目 ...

我是三个方向都用了pbc。看来如果只xy方向用的话，要用NVT了吧。
老师我想请教一下，如果想给金属板或石墨板加电势该怎么操作呢？是每个金属原子带相同量的电荷，还是只表面一层金属原子带电荷，还是其他的操作？怎么知道系统是带几伏的电势？
谢谢您

作者
Author: 含光君 时间: 2022-1-26 02:29

sobereva 发表于 2017-9-27 22:43
文件名是atomname2type.n2t么？选的力场确实是这个力场么？

@sobereva sob老师您好，我在按照gromacs培训班视频练习时也出现了和这位同学一样的问题。按照教程我在54a7力场目录下建立了atomname2type.n2t文件并写入了相应内容，经检查力场目录及文件内容都无误，可是生成top文件时依然报错No or incorrect atomname2type.n2t file found.（如图）
(, 下载次数 Times of downloads: 46) (, 下载次数 Times of downloads: 44) (, 下载次数 Times of downloads: 65)
请问是否可能因为文件内空格/制表符/末尾空行不同导致上面这样的错误发生呢？期待您的指导，谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-5 05:21

含光君发表于 2022-1-26 02:29
@sobereva sob老师您好，我在按照gromacs培训班视频练习时也出现了和这位同学一样的问题。按照教程我在54 ...

分清楚/sob和/home/sob
你的截图里显示程序试图从/sob/gmx2018.8/share/gromacs/top里找，但你的文件夹截图里目录是/home/sob/...略（亦即~/sob/...略）

作者
Author: 含光君 时间: 2022-2-6 00:23

sobereva 发表于 2022-2-5 05:21
分清楚/sob和/home/sob
你的截图里显示程序试图从/sob/gmx2018.8/share/gromacs/top里找，但你的文件夹 ...

谢谢sob老师的耐心解答，问题解决啦！

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